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万見
- PDB-2iou: Major Tropism Determinant P1 (Mtd-P1) Variant Complexed with Bord... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iou
タイトルMajor Tropism Determinant P1 (Mtd-P1) Variant Complexed with Bordetella brochiseptica Virulence Factor Pertactin extracellular domain (Prn-E).
要素
  • Major Tropism Determinant P1
  • Pertactin Extracellular Domain
キーワードviral protein/membrane protein / Mtd / Prn / pertactin / viral protein-membrane protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tropism switching / virus tail, fiber / outer membrane / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cell outer membrane / periplasmic space / cell adhesion / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pertactin autotransporter / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #30 / Tail fiber receptor-binding protein / Tail fiber receptor-binding protein / : / Mtd second domain / Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / : ...Pertactin autotransporter / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #30 / Tail fiber receptor-binding protein / Tail fiber receptor-binding protein / : / Mtd second domain / Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / : / Major tropism determinant, N-terminal domain / Major tropism determinant N-terminal domain / : / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / Pectate Lyase C-like - #20 / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / C-type lectin fold / Trefoil / Pectin lyase fold/virulence factor / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertactin autotransporter / Pertactin / Tail fiber receptor-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Miller, J.L. / Ghosh, P.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2008
タイトル: Selective Ligand Recognition by a Diversity-Generating Retroelement Variable Protein
著者: Miller, J.L. / Le Coq, J. / Hodes, A. / Barbalat, R. / Miller, J.F. / Ghosh, P.
履歴
登録2006年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Tropism Determinant P1
B: Major Tropism Determinant P1
C: Major Tropism Determinant P1
D: Major Tropism Determinant P1
E: Major Tropism Determinant P1
F: Major Tropism Determinant P1
G: Pertactin Extracellular Domain
H: Pertactin Extracellular Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,29812
ポリマ－343,2018
非ポリマー974
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36020 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area106280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)413.464, 413.464, 98.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Major Tropism Determinant P1 / Phage tail protein


分子量: 39037.918 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
遺伝子: Mtd / プラスミド: pet28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q775D6
#2: タンパク質 Pertactin Extracellular Domain / Outer membrane protein P.68


分子量: 54486.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
株: RB50 / 遺伝子: Prn / プラスミド: pet28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q03035, UniProt: Q3YE50*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2M NaCl, 200mM Lithium Sulfate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.156→50 Å / Num. obs: 166289 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 81.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.156→3.26 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.467 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.561 / Cor.coef. Io to Ic: 0.61
最高解像度最低解像度
Rotation3.156 Å15 Å
Translation3.156 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YU0

1yu0


解像度: 3.16→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 14.78 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24934 8362 5 %RANDOM
Rwork0.22405 ---
obs0.22533 157861 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23896 0 4 0 23900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02124430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.92233286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14553262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68923.534996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.572153404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.52515140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.23728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.211065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.216457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.050.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4081.516233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.747225432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.75839270
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3154.57854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.156→3.238 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 602 -
Rwork0.33 11518 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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