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万見
- PDB-2ioh: Crystal structure of phosphonoacetaldehyde hydrolase with a K53R ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ioh
タイトルCrystal structure of phosphonoacetaldehyde hydrolase with a K53R mutation
要素Phosphonoacetaldehyde hydrolase
キーワードHYDROLASE / Phosphonoacetaldehyde hydrolase / Haloacid dehalogenase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphonoacetaldehyde hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold ...Phosphonoacetaldehyde hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphonoacetaldehyde hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Allen, K.A. / Lahiri, S.D. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Peisach, E.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2006
タイトル: Diversification of function in the haloacid dehalogenase enzyme superfamily: The role of the cap domain in hydrolytic phosphoruscarbon bond cleavage.
著者: Lahiri, S.D. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2006年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
B: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
C: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
D: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,57312
ポリマ－122,0964
非ポリマー4778
水1,44180
1
A: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
B: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2876
ポリマ－61,0482
非ポリマー2394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子

C: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2876
ポリマ－61,0482
非ポリマー2394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
手法PISA
3
D: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子

D: Phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2876
ポリマ－61,0482
非ポリマー2394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)251.728, 251.728, 156.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Phosphonoacetaldehyde hydrolase


分子量: 30524.082 Da / 分子数: 4 / 変異: K53R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31156
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. all: 51994 / Num. obs: 50000 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / SU B: 14.156 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.578 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The structure was refined using strict NCS constraints
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 4000 9.5 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all-39598 --
obs-39598 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK / Bsol: 68.198 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 48.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.449 Å2-7.144 Å20 Å2
2--0.449 Å20 Å2
3----0.898 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8164 0 24 80 8268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.511
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0572
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3932.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.389 1263 -
obs--73.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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