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- PDB-2ioc: The crystal structure of TREX1 explains the 3' nucleotide specifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ioc
タイトルThe crystal structure of TREX1 explains the 3' nucleotide specificity and reveals a polyproline II helix for protein partenring
要素Three prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / proline helix / nucleotide complex / DnaQ family
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding ...cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / DNA exonuclease activity / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / oligosaccharyltransferase complex / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of protein complex stability / heart process / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / MutLalpha complex binding / regulation of tumor necrosis factor production / inflammatory response to antigenic stimulus / macrophage activation involved in immune response / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / apoptotic cell clearance / regulation of glycolytic process / regulation of metabolic process / DNA binding, bending / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / regulation of innate immune response / WW domain binding / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / heart morphogenesis / response to UV / cellular response to interferon-beta / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / DNA damage checkpoint signaling / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / cellular response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / immune response / inflammatory response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者de Silva, U. / Hollis, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
著者: de Silva, U. / Choudhury, S. / Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
履歴
登録2006年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Three prime repair exonuclease 1
A: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7188
ポリマ－52,8362
非ポリマー8826
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 119.700, 83.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細biological assembly is the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 26417.750 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, residues 1-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*(DE3) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 331.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG 3350, 100mM MES, 2mM MnCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 268K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.76 Å / Num. all: 25964 / Num. obs: 25938 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.62 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.7 / Scaling rejects: 2061
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 5.44 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. measured all: 26853 / Num. unique all: 4881 / Χ2: 1.2 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.67 Å
Translation2.5 Å38.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→25 Å / FOM work R set: 0.845 / 交差検証法: R free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1291 5 %random
Rwork0.198 ---
all-25964 --
obs-25938 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 41.78 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 22.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.438 Å2-2.424 Å20 Å2
2---1.438 Å20 Å2
3---2.877 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3390 0 48 249 3687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.645
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.1-2.130.293530.23810051058
2.13-2.160.261540.2179511005
2.16-2.190.25550.2119821037
2.19-2.230.244600.2229981058
2.23-2.260.225450.2069821027
2.26-2.30.276530.2339901043
2.3-2.340.251550.2189981053
2.34-2.390.252550.2099901045
2.39-2.440.235520.2059581010
2.44-2.490.206490.2189871036
2.49-2.550.325390.22910081047
2.55-2.610.26510.22310091060
2.61-2.680.28570.2189721029
2.68-2.760.26540.2349851039
2.76-2.850.295550.2469781033
2.85-2.950.272590.2369691028
2.95-3.070.237430.2019971040
3.07-3.210.214520.1879741026
3.21-3.380.261530.2110081061
3.38-3.590.269580.2089611019
3.59-3.860.264580.1989901048
3.86-4.250.197570.1559791036
4.25-4.860.179430.15710071050
4.86-6.110.2430.1799741017
6.11-250.223380.189951033
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2amp_new.par
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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