[日本語] English
万見
- PDB-2inp: Structure of the Phenol Hydroxylase-Regulatory Protein Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2inp
タイトルStructure of the Phenol Hydroxylase-Regulatory Protein Complex
要素(Phenol hydroxylase component ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylase / diiron / four-helix bundle / regulatory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol 2-monooxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase domain superfamily / Phenol hydroxylase conserved region / YHS domain / YHS domain / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily ...Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase domain superfamily / Phenol hydroxylase conserved region / YHS domain / YHS domain / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phenol hydroxylase component PheO / Phenol hydroxylase component PheN / Phenol hydroxylase component PheM / Phenol hydroxylase component PheL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sazinsky, M.S. / Dunten, P.W. / McCormick, M.S. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: X-ray Structure of a Hydroxylase-Regulatory Protein Complex from a Hydrocarbon-Oxidizing Multicomponent Monooxygenase, Pseudomonas sp. OX1 Phenol Hydroxylase.
著者: Sazinsky, M.H. / Dunten, P.W. / McCormick, M.S. / Didonato, A. / Lippard, S.J.
履歴
登録2006年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phenol hydroxylase component phN
B: Phenol hydroxylase component phN
C: Phenol hydroxylase component phL
D: Phenol hydroxylase component phL
E: Phenol hydroxylase component phO
F: Phenol hydroxylase component phO
L: Phenol hydroxylase component phM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,81713
ポリマ－229,4637
非ポリマー3546
水18,4111022
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31760 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area61950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.751, 146.305, 190.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Phenol hydroxylase component ... , 4種, 7分子 ABCDEFL

#1: タンパク質 Phenol hydroxylase component phN


分子量: 58401.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ2
#2: タンパク質 Phenol hydroxylase component phL


分子量: 37968.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ4
#3: タンパク質 Phenol hydroxylase component phO


分子量: 13116.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ1
#4: タンパク質 Phenol hydroxylase component phM


分子量: 10488.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ3

-
非ポリマー , 3種, 1028分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Tris, pH 7.0, 150 mM Na2MoO4, 5% glycerol, and 17-20% PEG 8000 (w/w), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 108695 / Num. obs: 108695 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 7777 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2INN

2inn


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.519 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 5424 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.201 110224 --
obs0.198 108608 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å20 Å2
2---1.67 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15994 0 6 1022 17022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02216454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0271.9322303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg751951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49524.266865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.067152738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.141586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.22278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.28053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.210933
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0340.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3150.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2351.510098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.944215667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2237560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6974.56636
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 388 -
Rwork0.233 7389 -
obs-7777 98.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る