PDB-2inb: Crystal structure of an XisH family protein (ZP_00107633.1) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2inb

タイトル

Crystal structure of an XisH family protein (ZP_00107633.1) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 1.60 A resolution

要素

hypothetical protein

キーワード

Structural Genomics/Unknown function / ZP_00107633.1 / hypothetical protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Structural Genomics-Unknown function COMPLEX

機能・相同性

Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Nostoc punctiforme (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Site-specific recombination of nitrogen-fixation genes in cyanobacteria by XisF-XisH-XisI complex: Structures and models.
著者: Hwang, W.C. / Golden, J.W. / Pascual, J. / Xu, D. / Cheltsov, A. / Godzik, A.

履歴

登録	2006年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.4	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.5	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.6	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.7	2023年1月25日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.8	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2inb.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2inb.ent.gz	33.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2inb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2inb_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2inb_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	2inb_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	2inb_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/2inb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/2inb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nlvC 2nvmC 2nwvC 2okfC 3d7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2okf-d 3o65-1 4gml-2 1oog-d 1t14-d 2p3p-2 2b4m-1 3b7a-d 3o65-2 5ub4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 368168

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein

ヘテロ分子

A: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.554, 59.554, 71.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 16120.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: ZP_00107633.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 23125711
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.2 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 10.0% Glycerol, 20.0% PEG-300, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9740, 0.9798, 0.9799

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月30日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.974	1
2	0.9798	1
3	0.9799	1

反射

解像度: 1.6→29.775 Å / Num. obs: 19879 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.64	4.9	0.607	1.3	7098	1434	0.607	100
1.64-1.69	5.1	0.549	1.4	7247	1414	0.549	100
1.69-1.74	5.2	0.456	1.7	7024	1359	0.456	100
1.74-1.79	5.2	0.354	2.1	7109	1358	0.354	100
1.79-1.85	5.2	0.263	2.9	6698	1282	0.263	100
1.85-1.91	5.3	0.218	3.4	6635	1256	0.218	100
1.91-1.98	5.3	0.168	4.4	6533	1243	0.168	100
1.98-2.07	5.2	0.132	5.5	6022	1153	0.132	100
2.07-2.16	5.2	0.103	6.9	5824	1115	0.103	100
2.16-2.26	5.2	0.084	8.2	5570	1068	0.084	100
2.26-2.39	5.2	0.075	8.9	5393	1046	0.075	100
2.39-2.53	5.2	0.075	8.7	4893	950	0.075	100
2.53-2.7	5.1	0.065	10.1	4727	925	0.065	100
2.7-2.92	5	0.061	10.1	4265	855	0.061	100
2.92-3.2	4.9	0.053	11.3	3847	791	0.053	100
3.2-3.58	4.5	0.046	12.5	3294	729	0.046	99.8
3.58-4.13	5	0.042	14.3	3172	633	0.042	100
4.13-5.06	5.2	0.04	15	2949	562	0.04	100
5.06-7.16	5	0.045	13.1	2225	442	0.045	100
7.16-29.78	4.5	0.042	13.4	1201	264	0.042	99

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.775 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.642 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.191	1015	5.1 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
all	0.16	-	-	-
obs	0.16	19850	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.661 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.775 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1032	0	13	136	1181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.96	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.971	3	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.714	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.832	24.483	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.19	15	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.261	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.302	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.118	3	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.516	3	287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.874	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.671	8	517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.357	11	452

LS精密化シェル

解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	64	-
R_work	0.238	1333	-
obs	-	1397	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.2296 Å / Origin y: 42.5928 Å / Origin z: 8.2214 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0196 Å²	0.0181 Å²	0.0079 Å²	-	-0.0563 Å²	-0.0055 Å²	-	-	-0.0156 Å²
L	1.1856 °²	-0.8861 °²	-0.6558 °²	-	0.8979 °²	0.7521 °²	-	-	0.7496 °²
S	0.0285 Å °	0.0062 Å °	0.1375 Å °	0.0251 Å °	0.0412 Å °	-0.0965 Å °	-0.1071 Å °	0.0466 Å °	-0.0697 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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