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万見
- PDB-2imw: Mechanism of Template-Independent Nucleotide Incorporation Cataly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2imw
タイトルMechanism of Template-Independent Nucleotide Incorporation Catalyzed by a Template-Dependent DNA Polymerase
要素
  • 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • DNA polymerase IV
キーワードTransferase/DNA / blunt end DNA Y-family polymerase DNA replication / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-dideoxyadenosine triphosphate / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ling, H. / Yang, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Mechanism of Template-independent Nucleotide Incorporation Catalyzed by a Template-dependent DNA Polymerase.
著者: Fiala, K.A. / Brown, J.A. / Ling, H. / Kshetry, A.K. / Zhang, J. / Taylor, J.S. / Yang, W. / Suo, Z.
履歴
登録2006年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
T: 5'-D(*TP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
P: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,23712
ポリマ－48,3093
非ポリマー9289
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.057, 101.857, 52.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 ST

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3'


分子量: 4096.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 4464.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質 DNA polymerase IV / / Pol IV


分子量: 39747.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: dbin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNAポリメラーゼ

-
非ポリマー , 4種, 249分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DDS / 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate / ddATP


分子量: 475.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O11P3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG3350, 0.1 M Calcium acetate, 0.1 M hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG335011
2Calcium acetate11
3hepes11
4H2O11
5PEG335012
6Calcium acetate12
7hepes12

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 32881 / % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.090.3415700.7193.7
2.09-2.120.28316190.747199
2.12-2.160.25216410.78199.6
2.16-2.210.22616600.819199.9
2.21-2.260.19316630.8791100
2.26-2.310.16316571.012199.9
2.31-2.370.13816691.057199.9
2.37-2.430.12416701.0551100
2.43-2.50.10916671.117199.9
2.5-2.580.10316481.265199.9
2.58-2.670.09716801.112199.8
2.67-2.780.08916741.174199.8
2.78-2.910.08216831.246199.5
2.91-3.060.07716721.326199.5
3.06-3.250.07316741.352199.2
3.25-3.50.06616751.36198.1
3.5-3.860.0616501.327198
3.86-4.410.05916351.262194.3
4.41-5.550.05316061.207192.5
5.55-300.04414680.954179.2

-
位相決定

Phasing MRMethod translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1JX4

1jx4


解像度: 2.05→26.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.169 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 954 2.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 32833 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å20 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→26.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2788 568 55 240 3651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3032.2064904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6185357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8823.689122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59215579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4571524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1480.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2311.51837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37222872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.532138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1144.52032
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 58 -
Rwork0.335 2246 -
obs-2304 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52510.37430.80320.31650.43151.62910.01150.12260.01810.06290.012-0.02460.0722-0.1446-0.0234-0.02410.0086-0.00070.0269-0.0273-0.049613.78246.955831.1285
22.120.9309-0.64971.2882-0.27110.9678-0.22420.37910.3208-0.14060.1456-0.0744-0.1063-0.03880.0787-0.0557-0.0603-0.07080.00810.1249-0.020331.997630.536136.513
30.81820.79650.69521.68690.50210.89810.04150.3062-0.28570.0220.0814-0.44850.10310.2188-0.1228-0.08230.02440.0082-0.0027-0.03830.048934.82939.288637.279
42.99840.5441.18492.4153-1.0383.1295-0.0754-0.0070.1917-0.1755-0.03140.10860.2352-0.26110.1068-0.0767-0.03240.0239-0.0205-0.0203-0.04747.391516.880355.5273
50.73190.2012-0.6021.38560.64330.9870.01810.03930.1101-0.0066-0.1485-0.20930.0784-0.20970.13030.0898-0.0242-0.075-0.0976-0.0197-0.01420.619730.128852.8737
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PC11 - 7711 - 77
22PC167 - 240167 - 240
33PC1 - 101 - 10
43PC78 - 16678 - 166
54PC241 - 341241 - 341
65SA1801 - 18131 - 13
75TB1906 - 19183 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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