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万見
- PDB-2imp: Crystal structure of lactaldehyde dehydrogenase from E. coli: the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2imp
タイトルCrystal structure of lactaldehyde dehydrogenase from E. coli: the ternary complex with lactate (occupancy 0.5) and NADH. Crystals soaked with (L)-Lactate.
要素Lactaldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-lactate-NADH ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolaldehyde dehydrogenase / glycolaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / lactaldehyde dehydrogenase / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / rhamnose catabolic process / gamma-aminobutyric acid catabolic process / L-fucose catabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...: / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LACTIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Lactaldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Gomez, G.A. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Lactaldehyde Dehydrogenase from Escherichia coli and Inferences Regarding Substrate and Cofactor Specificity.
著者: Di Costanzo, L. / Gomez, G.A. / Christianson, D.W.
履歴
登録2006年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02019年3月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / struct / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range / _exptl_crystal_grow.temp / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3205
ポリマ－52,3731
非ポリマー9484
水3,981221
1
A: Lactaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Lactaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Lactaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Lactaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,28120
ポリマ－209,4904
非ポリマー3,79116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area23160 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area60020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)143.034, 143.034, 109.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細tetramer generated by the application of the following operations symmetry to the monomer: 1) x,y,z 4)-x,-y,z 7) y,x,-z+1/3 10) -y,-x,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Lactaldehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase A / Glycolaldehyde dehydrogenase


分子量: 52372.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P25553, glycolaldehyde dehydrogenase, lactaldehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammoniun sulfate, 0.1 M Bis-tris or Tris, pH 6.8 - 7.4, crystals were soaked with lactate; VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
PH範囲: 6.8 - 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36157 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.122
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Num. unique all: 3511

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→50 Å
Rfactor反射数
Rfree0.234 2412
Rwork0.2 -
all-36157
obs-34320
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 60 221 3947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.2753 / Rfactor Rwork: 0.246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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