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万見
- PDB-2im9: Crystal structure of protein LPG0564 from Legionella pneumophila ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2im9
タイトルCrystal structure of protein LPG0564 from Legionella pneumophila str. Philadelphia 1, Pfam DUF1460
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix hairpin bin / Putative xylanase fold / Putative xylanase like domain / putative xylanase like fold / putative xylanase like domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Helix Hairpins / Roll ...Helix hairpin bin / Putative xylanase fold / Putative xylanase like domain / putative xylanase like fold / putative xylanase like domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1460 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Powell, A. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
著者: Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Powell, A. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Advisory / Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9551
ポリマ－37,9551
非ポリマー00
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.892, 71.052, 83.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細probable monomer

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 37954.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
生物種: Legionella pneumophila / 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: YP_094605 / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZY11
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 3600mM sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月28日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→20 Å / Num. all: 34781 / Num. obs: 31234 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4942 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.67→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.831 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21156 1566 5 %RANDOM
Rwork0.17151 ---
obs0.17344 29661 90.07 %-
all-32931 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2430 0 0 271 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.9463401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3335312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00724.309123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69815438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7781516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21735
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2510.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8281.51551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35622462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19431074
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3214.5931
LS精密化 シェル解像度: 1.669→1.712 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 49 -
Rwork0.227 773 -
obs--32.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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