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- PDB-2ila: STRUCTURE OF INTERLEUKIN 1ALPHA AT 2.7-ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ila
タイトルSTRUCTURE OF INTERLEUKIN 1ALPHA AT 2.7-ANGSTROMS RESOLUTION
要素INTERLEUKIN-1 ALPHA
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of Sertoli cell barrier / positive regulation of neutrophil migration / positive regulation of steroid biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / response to ozone / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of prostaglandin secretion / response to L-ascorbic acid / fever generation ...negative regulation of establishment of Sertoli cell barrier / positive regulation of neutrophil migration / positive regulation of steroid biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / response to ozone / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of prostaglandin secretion / response to L-ascorbic acid / fever generation / intracellular sodium ion homeostasis / Interleukin-1 processing / response to copper ion / interleukin-1 receptor binding / keratinization / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / response to gamma radiation / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / Interleukin-1 signaling / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to heat / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / response to hypoxia / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / inflammatory response / copper ion binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 alpha / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Graves, B.J. / Hatada, M.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure of interleukin 1 alpha at 2.7-A resolution.
著者: Graves, B.J. / Hatada, M.H. / Hendrickson, W.A. / Miller, J.K. / Madison, V.S. / Satow, Y.
履歴
登録1991年5月1日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6181
ポリマ－17,6181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.970, 54.520, 45.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 ALPHA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17618.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01583

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135 mg/mlprotein1drop
20.1 Mcitrate1reservior
30.2 Mammonium sulphate1reservoir
430 %(w/v)PEG4001reservoir

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.19 / 最高解像度: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数145 0 0 0 145
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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