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- PDB-2il2: Crystal Structure of Human Renin Complexed with Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2il2
タイトルCrystal Structure of Human Renin Complexed with Inhibitor
要素Renin
キーワードHYDROLASE / Renin / Inhibitors / Drug Design
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process ...renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / response to cAMP / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / insulin-like growth factor receptor binding / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-LIX / Renin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Mochalkin, I.
引用ジャーナル: Anal.Biochem. / 年: 2007
タイトル: Binding thermodynamics of substituted diaminopyrimidine renin inhibitors.
著者: Sarver, R.W. / Peevers, J. / Cody, W.L. / Ciske, F.L. / Dyer, J. / Emerson, S.D. / Hagadorn, J.C. / Holsworth, D.D. / Jalaie, M. / Kaufman, M. / Mastronardi, M. / McConnell, P. / Powell, N.A. ...著者: Sarver, R.W. / Peevers, J. / Cody, W.L. / Ciske, F.L. / Dyer, J. / Emerson, S.D. / Hagadorn, J.C. / Holsworth, D.D. / Jalaie, M. / Kaufman, M. / Mastronardi, M. / McConnell, P. / Powell, N.A. / Quin, J. / Van Huis, C.A. / Zhang, E. / Mochalkin, I.
履歴
登録2006年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9645
ポリマ－74,5342
非ポリマー1,4303
水4,360242
1
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,89115
ポリマ－223,6026
非ポリマー4,2899
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area24710 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area71340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.533, 141.533, 141.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00797, renin
#2: 化合物 ChemComp-LIX / N-[2-({2-AMINO-6-ETHYL-5-[4-(3-METHOXYPROPYL)-2,2-DIMETHYL-3-OXO-3,4-DIHYDRO-2H-1,4-BENZOXAZIN-6-YL]PYRIMIDIN-4-YL}AMINO)ETHYL]NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDE / 4-[2-[(2-ナフチル)スルホニルアミノ]エチルアミノ]-5-[2,2-ジメチル-3-オキソ-4-(3-メトキシプ(以下略)


分子量: 618.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H38N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10-20 % PEG 3350, 50 mM sodium citrate pH 4.5, 0.6 M NaCl., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 45325 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.249 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique all: 4278 / Rsym value: 0.627 / Χ2: 1.071 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IKO

2iko


解像度: 2.24→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.297 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2281 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 45166 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5212 0 101 242 5555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9777403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8843.0038764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5845674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47224.196224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1615866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3331520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.23644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22902
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2950.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8461.54266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1191.51392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00325396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58532561
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3254.52007
LS精密化 シェル解像度: 2.243→2.301 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 166 -
Rwork0.323 3055 -
obs-3221 98.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09041.07320.43991.38260.29250.83780.1464-0.24210.05320.0852-0.16720.0467-0.0889-0.16290.0207-0.10350.0330.0344-0.1322-0.0087-0.2244molecule 1-29.6193.572-11.891
21.2909-0.6795-0.07662.2840.68761.87170.071-0.0238-0.11850.1526-0.00930.1720.2626-0.3023-0.0618-0.189-0.04460.0114-0.07620.0719-0.1894molecule 2-52.823-12.822-35.122
318.1908-9.23825.54016.28480.73725.69520.0549-0.5931-1.2898-0.00970.25030.91341.0692-0.3536-0.3053-0.0119-0.02820.0337-0.02080.0279-0.0188ligand-24.809-2.285-10.266
411.12412.50724.67142.5538-0.24862.82920.4582-0.9633-0.4694-0.2344-0.20540.35810.7524-0.6346-0.25280.02180.02550.00840.00750.00150.0027ligand and citrate-47.31-18.821-29.635
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-2 - 3353 - 340
22BB-2 - 3353 - 340
33AC401
44BD402
54AE501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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