PDB-2ikq: Crystal structure of mouse Sts-1 PGM domain in complex with phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ikq

タイトル

Crystal structure of mouse Sts-1 PGM domain in complex with phosphate

要素

Suppressor of T-cell receptor signaling 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / PGM / acid phosphatase / phospho-histidine enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.609 Å

データ登録者

Chen, Y. / Nassar, N.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A Phosphatase Activity of Sts-1 Contributes to the Suppression of TCR Signaling
著者: Mikhailik, A. / Ford, B. / Keller, J. / Chen, Y. / Nassar, N. / Carpino, N.

履歴

登録	2006年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ikq.cif.gz	159.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ikq.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ikq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/2ikq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/2ikq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h0qC 1h0qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mbk-1 5vr6-d 3d6a-2 5wdi-1 5w5g-1 2h0q-1 1rj5-d 3nvl-1 3d6a-1 2xto-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (3)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

B: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

M: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

ヘテロ分子

91.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

B: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

ヘテロ分子

M: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.960, 74.671, 101.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	M
4	1	A
5	1	B
6	1	M
7	1	A
8	1	B
9	1	M
1	2	A
2	2	M
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	1	A	A	373 - 490	5 - 122
2	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	1	B	B	373 - 490	5 - 122
3	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	1	M	C	373 - 490	5 - 122
4	2	1	THR	THR	GLU	GLU	1	A	A	499 - 603	131 - 235
5	2	1	THR	THR	GLU	GLU	1	B	B	499 - 603	131 - 235
6	2	1	THR	THR	GLU	GLU	1	M	C	499 - 603	131 - 235
7	3	1	TRP	TRP	THR	THR	1	A	A	611 - 626	243 - 258
8	3	1	TRP	TRP	THR	THR	1	B	B	611 - 626	243 - 258
9	3	1	TRP	TRP	THR	THR	1	M	C	611 - 626	243 - 258
1	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	1	A	A	604 - 610	236 - 242
2	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	1	M	C	604 - 610	236 - 242
1	1	3	GLU	GLU	ILE	ILE	6	A	A	604 - 610	236 - 242
2	1	3	GLU	GLU	ILE	ILE	6	B	B	604 - 610	236 - 242

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

Subunits A and B form a dimer. Subunit C dimerizes with its symmetry generated by the 2-fold axis: -x, y, -z

#1: タンパク質	Suppressor of T-cell receptor signaling 1 / Sts-1 / Cbl-interacting protein p70 分子量: 30363.771 Da / 分子数: 3 断片: phosphoglycerate mutase homology domain, residues 373-633 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sts-1 / プラスミド: pProEX-2Hb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q8BGG7
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 14% PEG 8000, 0.1 M HEPES, 0.3 M Na Acetate, 0.2 M Na/K phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.609→100 Å / Num. all: 25668 / Num. obs: 25668 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 74.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.63 / R_sym value: 0.63 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 2.609→2.69 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2582 / R_sym value: 0.556 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1H0Q

1h0q

解像度: 2.609→99.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 36.002 / SU ML: 0.335 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27515	1293	5 %	RANDOM
R_work	0.24773	-	-	-
obs	0.2491	24371	97.58 %	-
all	-	25664	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.21 Å²	0 Å²	-1.42 Å²
2-	-	8.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.15 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.372 Å / Luzzati sigma a free: 0.333 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.609→99.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6103	0	15	10	6128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6269
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.956	8518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.359	5	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.681	23.663	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.431	15	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.943	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.367	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.43	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	1.5	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.294	2	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.494	3	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.312	4.5	2236

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3627	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	3627	tight positional	0.07	0.05
1	3	M	3627	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	87	tight positional	0.02	0.05
3	1	A	87	loose positional	0.37	5
1	1	A	3627	tight thermal	0.12	0.5
1	2	B	3627	tight thermal	0.09	0.5
1	3	M	3627	tight thermal	0.07	0.5
2	1	A	87	tight thermal	0.06	0.5
3	1	A	87	loose thermal	3.62	10

LS精密化シェル

解像度: 2.609→2.677 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.381	90
R_work	0.371	1768

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関連情報:EMDBヘッダ

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