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- PDB-2ikf: Terminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with bound UTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ikf
タイトルTerminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with bound UTP
要素RNA uridylyl transferase
キーワードTRANSFERASE / TUTase / Trypanosoma / nucleotidyltransferase / UTP-binding / RNA editing
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / kinetoplast / nucleotidyltransferase activity / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Terminal uridylyltransferase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Luecke, H. / Stagno, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: UTP-bound and Apo Structures of a Minimal RNA Uridylyltransferase.
著者: Stagno, J. / Aphasizheva, I. / Rosengarth, A. / Luecke, H. / Aphasizhev, R.
履歴
登録2006年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA uridylyl transferase
B: RNA uridylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2674
ポリマ－79,7592
非ポリマー5082
水3,891216
1
A: RNA uridylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3883
ポリマ－39,8791
非ポリマー5082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA uridylyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8791
ポリマ－39,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.773, 41.525, 103.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA uridylyl transferase


分子量: 39879.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: 841358, Tb11.01.7300 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q381M1, RNA uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM calcium acetate, 18% PEG-8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→103.407 Å / Num. obs: 43289 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.112.90.5730.81845563440.57395.6
2.11-2.242.90.411.61742160020.4195.8
2.24-2.392.90.2962.21665456590.29695.6
2.39-2.5830.2173.21583852550.21795
2.58-2.833.10.1753.81488448220.17595.5
2.83-3.163.10.1245.61381343890.12495.1
3.16-3.653.20.0749.41215238070.07493.6
3.65-4.473.20.04514.71040232280.04592.9
4.47-6.323.30.03619.1807424620.03690.8
6.32-51.713.20.02723.5427213210.02784.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B51

2b51


解像度: 2→51.709 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 2222 4.8 %
Rwork0.228 --
obs-43270 94.3 %
溶媒の処理Bsol: 48.943 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 36.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.746 Å20 Å20.28 Å2
2---0.915 Å20 Å2
3---0.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→51.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5087 0 30 216 5333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.777
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2492.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2utp.paramutp.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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