PDB-2ikb: Crystal Structure of a Protein of Unknown Function NMB1012 from N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ikb

タイトル

Crystal Structure of a Protein of Unknown Function NMB1012 from Neisseria meningitidis

要素

Hypothetical protein NMB1012

キーワード

Structural genomics / unknown function / Neisseria meningitidis / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, R. / Li, H. / Bargassa, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1.7 A crystal structure of a hypothetical protein NMB1012 from Neisseria meningitidis
著者: Zhang, R. / Li, H. / Bargassa, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ikb.cif.gz	146.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ikb.ent.gz	117.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ikb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ikb_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ikb_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	2ikb_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	2ikb_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/2ikb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/2ikb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5da4-d 3n6o-2 1x7f-d 1h9w-d 5h56-d 5nrq-d 1rin-d 1hkd-d 1loa-2 4nv2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC83859

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein NMB1012

B: Hypothetical protein NMB1012

C: Hypothetical protein NMB1012

D: Hypothetical protein NMB1012

75.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein NMB1012

C: Hypothetical protein NMB1012

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Hypothetical protein NMB1012

D: Hypothetical protein NMB1012

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.335, 52.087, 128.874
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

unknown, probably monomer

#1: タンパク質	Hypothetical protein NMB1012 分子量: 18925.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7DDI9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% w/v PEG MME2000, 0.1M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 65867 / Num. obs: 64965 / % possible obs: 98.63 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 5132 / % possible all: 93.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→38.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 4.788 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	3482	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19455	-	-	-
all	0.19717	64965	-	-
obs	0.19717	64965	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.192 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.11 Å²	0 Å²	-1.11 Å²
2-	-	-1.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.126 Å	0.123 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.084 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5067	0	0	557	5624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.915	6988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3	8564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.929	5	635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.571	22.971	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.961	15	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.135	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.285	1.5	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.266	1.5	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.5	2	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.467	3	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.416	4.5	1978

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	251	-
R_work	0.222	4553	-
obs	-	4553	93.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 48.652 Å / Origin y: 5.296 Å / Origin z: 96.292 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0242 Å²	-0.0028 Å²	-0.0049 Å²	-	-0.0203 Å²	-0.0034 Å²	-	-	0.0085 Å²
L	0.0017 °²	-0.0136 °²	-0.0188 °²	-	0.3136 °²	0.008 °²	-	-	0.3003 °²
S	-0.0191 Å °	0.0421 Å °	-0.0193 Å °	0.1003 Å °	0.0117 Å °	-0.036 Å °	-0.0084 Å °	0.0087 Å °	0.0074 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	3 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	51 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	102 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	1	C	51 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	1	C	101 - 164
10	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	1	D	51 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	1	D	101 - 165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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