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- PDB-2ijr: Crystal structure of a protein api92 from Yersinia pseudotubercul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ijr
タイトルCrystal structure of a protein api92 from Yersinia pseudotuberculosis, Pfam DUF1281
要素Hypothetical protein api92仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Api92-like / Api92-like / Api92-like domains / Protein of unknown function DUF1281 / Api92-like domain superfamily / YubB, ferredoxin-like domain / Protein of unknown function (DUF1281) / Ferredoxin-like domain in Api92-like protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...Api92-like / Api92-like / Api92-like domains / Protein of unknown function DUF1281 / Api92-like domain superfamily / YubB, ferredoxin-like domain / Protein of unknown function (DUF1281) / Ferredoxin-like domain in Api92-like protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1281 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jin, X. / Min, T. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Wasserman, S. / Smith, D. / Burley, S.K. / Shapiro, L. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein from Yersinia pseudotuberculosis
著者: Jin, X. / Min, T. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Wasserman, S. / Smith, D. / Burley, S.K. / Shapiro, L.
履歴
登録2006年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein api92


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1641
ポリマ－34,1641
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.656, 88.656, 218.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein api92 / 仮説


分子量: 34164.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: api92 / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+RIL / 参照: UniProt: Q6EVP2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.5M Magnesium formate, 0.1M Bis Tris, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 11612 / % possible obs: 57 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1198 / Rsym value: 0.269 / % possible all: 51.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 10.79 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.708 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27917 577 5 %RANDOM
Rwork0.22476 ---
all0.22747 ---
obs0.22747 10960 93.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 0 44 2285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.671.9383137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg22.0295285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.9423.67109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.16715371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5481516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2320.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2760.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.21548
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.991.51443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62422264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32731018
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7624.5871
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 39 -
Rwork0.22 563 -
obs--68.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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