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- PDB-2ije: Crystal Structure of the Cdc25 domain of RasGRF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ije
タイトルCrystal Structure of the Cdc25 domain of RasGRF1
要素Guanine nucleotide-releasing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / RasGRF1 / Cdc25 Domain / Ras Guanine Nucleotide Releasing Factor / Ras-specific Nucleotide Exchange Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ras protein signal transduction / RAF/MAP kinase cascade / apicolateral plasma membrane / apical dendrite / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of Rac protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of Ras protein signal transduction / RAF/MAP kinase cascade / apicolateral plasma membrane / apical dendrite / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of Rac protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / receptor tyrosine kinase binding / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of fibroblast proliferation / small GTPase binding / neuron projection development / growth cone / basolateral plasma membrane / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / cell population proliferation / postsynapse / neuronal cell body / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / IQ motif profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Freedman, T.S. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: A Ras-induced conformational switch in the Ras activator Son of sevenless.
著者: Freedman, T.S. / Sondermann, H. / Friedland, G.D. / Kortemme, T. / Bar-Sagi, D. / Marqusee, S. / Kuriyan, J.
履歴
登録2006年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年4月30日Group: Data collection
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Guanine nucleotide-releasing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9352
ポリマ－27,8431
非ポリマー921
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.430, 77.801, 110.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-releasing protein / GNRP / Ras-specific nucleotide exchange factor CDC25 / CDC25Mm


分子量: 27843.102 Da / 分子数: 1 / 断片: Cdc25 Domain (residues 1028-1262) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: 19417 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3* / 参照: UniProt: P27671
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 1:1 Mixture of Well Solution: 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.2, 3% PEG 4000, 0.5% beta-octylglucoside. Protein Stock: 10 mg/ml RasGRF1, 10% Glycerol, 5 mM TCEP, 25 mM Tris, pH 8.0, 200 mM Sodium ...詳細: 1:1 Mixture of Well Solution: 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.2, 3% PEG 4000, 0.5% beta-octylglucoside. Protein Stock: 10 mg/ml RasGRF1, 10% Glycerol, 5 mM TCEP, 25 mM Tris, pH 8.0, 200 mM Sodium Chloride. Cryoprotection: Dip in Well solution with 30% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.974
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 17115 / Num. obs: 17115 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1695 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1NVV

1nvv


解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1533 -RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.205 16832 --
obs0.205 15478 92 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.237 Å20 Å20 Å2
2--5.959 Å20 Å2
3----3.722 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1934 0 6 163 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19484
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007613
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.22 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3412 52
Rwork0.2721 -
obs-439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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