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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ij7 | ||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis CYP121 in complex with the antifungal drug fluconazole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 121 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / tuberculosis / cytochrome P450 / P450 CYP121 / fluconazole / azole drug | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / cyclase activity / carbon monoxide binding / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding ...mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / cyclase activity / carbon monoxide binding / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Roujeinikova, A. / Leys, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis P450 CYP121-fluconazole complex reveals new azole drug-P450 binding mode. 著者: Seward, H.E. / Roujeinikova, A. / McLean, K.J. / Munro, A.W. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ij7.cif.gz | 959.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ij7.ent.gz | 796.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ij7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/2ij7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/2ij7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43305.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cyp121 参照: UniProt: P0A514, UniProt: P9WPP7*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-TPF / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350 and 0.2M NaSCN, saturating fluconazole conc., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 166629 / Num. obs: 166629 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N40/2IJ5 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.267 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.878 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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