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- PDB-2ihe: Crystal structure of wild-type single-stranded DNA binding protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ihe
タイトルCrystal structure of wild-type single-stranded DNA binding protein from Thermus aquaticus
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Single-stranded DNA binding protein (SSB) / Thermophile organism / Protein-DNA interaction / Protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fedorov, R. / Witte, G. / Urbanke, C. / Manstein, D.J. / Curth, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: 3D structure of Thermus aquaticus single-stranded DNA-binding protein gives insight into the functioning of SSB proteins.
著者: Fedorov, R. / Witte, G. / Urbanke, C. / Manstein, D.J. / Curth, U.
履歴
登録2006年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0691
ポリマ－30,0691
非ポリマー00
水3,297183
1
A: Single-stranded DNA-binding protein

A: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1372
ポリマ－60,1372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.840, 80.670, 56.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1074-

HOH

21A-1149-

HOH

詳細The biological assembly is created by applying the operation (-x, y, -z) with a shift: -1 0 -1

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein


分子量: 30068.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: ssb / プラスミド: pETTaqSSB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9KH06
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293.15 K / pH: 7.4
詳細: 100 mM Imidazole, 35% 2-Ethoxyethanol, 200 mM Calcium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K, pH 7.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月21日 / 詳細: MICROBEAM OPTICS
放射モノクロメーター: LIQUID N2 COOLED SI-111 DOUBLE CRYSTAL OR SI-111 CHANNEL CUT MONOCHROMATORS IN SERIES
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 14759 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SE8

1se8


解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 753 -RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 14759 100 %-
all-14759 --
原子変位パラメータBiso mean: 48.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1647 0 0 183 1830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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