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- PDB-2igz: NMR structure of the sterol-dependent antifungal antibiotic bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2igz
タイトルNMR structure of the sterol-dependent antifungal antibiotic bacillomycin Lc
要素BACILLOMYCIN L-3
キーワードANTIBIOTIC / ITURINS / ANTIFUNGAL / CYCLOPEPTIDE / LIPOPEPTIDE / SURFACTANT BACILLOMYCIN
機能・相同性Bacillomycin Lc / :
機能・相同性情報
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING
データ登録者Volpon, L. / Tsan, P. / Besson, F. / Lancelin, J.M.
引用
ジャーナル: Spectrochim Acta a Mol.Biomol.Spectrosc. / 年: 2007
タイトル: NMR Structure Determination of a Synthetic Analogue of Bacillomycin Lc Reveals the Strategic Role of L-Asn1 in the Natural Iturinic Antibiotics.
著者: Volpon, L. / Tsan, P. / Majer, Z. / Vass, E. / Hollosi, M. / Noguera, V. / Lancelin, J.M. / Besson, F.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: NMR Structure of Active and Inactive Forms of the Sterol-Dependent Antifungal Antibiotic Bacillomycin L
著者: Volpon, L. / Besson, F. / Lancelin, J.M.
履歴
登録2006年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACILLOMYCIN L-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0531
ポリマ－1,0531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 50STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BACILLOMYCIN L-3


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1053.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: BACILLOMYCIN LC IS A CYCLIC HEPTA-LIPOPETIDE WITH 7 AMINO-ACIDS OF CONFIGURATION LDDLLDL AND ONE D-BETA-AMINO CARBOXYLIC ACID. THE FATTY ACID IS LINKED VIA A PEPTID BOND TO BOTH RESIDUES 2 AND 8.
由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: NOR: NOR00781, Bacillomycin Lc
構成要素の詳細BACILLOMYCIN LC IS A CYCLIC HEPTA-LIPOPETIDE. HERE, BACILLOMYCIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D-TOCSY (HOHAHA)
1312D NOESY
1412D-ROESY
1511H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

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試料調製

詳細内容: 3MM BACILLOMYCIN LC IN 100% DMSO-D6
試料状態圧: AMBIENT / 温度: 292 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CHARMM 22BROOKS,BRUCCOLERI,OLAFSON,STATES,SWAMINATHAN, KARPLUS精密化
X-PLOR 3.851構造決定
XwinNMR構造決定
GIFA 4.0構造決定
MOLMOL構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 74 RESTRAINTS, 71 ARE NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 3 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. THE 19 STRUCTURES WERE DIVIDED INTO TWO FAMILIES OF SIMILAR ENERGY ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 74 RESTRAINTS, 71 ARE NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 3 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. THE 19 STRUCTURES WERE DIVIDED INTO TWO FAMILIES OF SIMILAR ENERGY WHICH ESSENTIALLY DIFFER IN THE NUMBER AND TYPE OF TURNS. THE TWO FAMILIES ARE S1 (STRUCTURES 1-12) AND S2 (STRUCTURES 13-19).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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