PDB-2igu: Deamidated analogue of ImI Conotoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2igu

タイトル

Deamidated analogue of ImI Conotoxin

要素

Alpha-conotoxin ImI

キーワード

TOXIN / Conotoxin / disulfide linkage / ribbon conformation

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Energy Minization, Molecular Dynamics, Simulated Annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Kini, R.M. / Kang, T.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Protein folding determinants: structural features determining alternative disulfide pairing in alpha- and chi/lambda-conotoxins
著者: Kang, T.S. / Talley, T.T. / Jois, S.D. / Taylor, P. / Kini, R.M.

履歴

登録	2006年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2igu.cif.gz	46.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2igu.ent.gz	32.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2igu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2igu_validation.pdf.gz	359.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2igu_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	2igu_validation.xml.gz	5 KB	表示
CIF形式データ	2igu_validation.cif.gz	7.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2igu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2igu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ifiC 2ifjC 2ifzC 2ih6C 2ih7C 2ihaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ao4-d 2mig-d 6vhj-d 1fvm-1 2h8s-d 1fvm-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin ImI

1.36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin ImI 分子量: 1358.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Chemically synthesized using Fmoc solid phase peptide synthesis. 参照: UniProt: P50983*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D ROESY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM peptide sample, pH 3.0; 10% D2O, 90% H2O / 溶媒系: 10% D2O, 90% H2O
試料状態	イオン強度: 2mM / pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR		collection
Mestre-C	4.9.9.6	データ解析
Discover		構造決定
Discover		精密化

精密化

手法: Energy Minization, Molecular Dynamics, Simulated Annealing
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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