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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2igr | ||||||
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タイトル | Solution structure of CB1a, a novel anticancer peptide derived from natural antimicrobial peptide cecropin B | ||||||
![]() | Anticancer peptide CB1a | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / LIPID BINDING PROTEIN / Anticancer peptide / cecropin / antimicrobial peptide / ploycationic peptide / cecropin fingerprint sequence | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | ||||||
![]() | Wu, J.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of a custom anticancer peptide, CB1a 著者: Wu, J.-M. / Jan, P.-S. / Yu, H.-C. / Haung, H.-Y. / Fang, H.-J. / Chang, Y.-I. / Cheng, J.-W. / Chen, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 218.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 341.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4203.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide was designed from Cecropin B and chemically synthesized. 由来: (合成) ![]() |
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配列の詳細 | IN THIS ENTRY, THE PROTEIN WAS CONSTRUCTED BY REPEATING THE ORIGINAL N-TERMINAL TEN AMINO ACIDS OF ...IN THIS ENTRY, THE PROTEIN WAS CONSTRUCTE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 3mM CB1a peptide; 20% d-HFP; 95% H2O, 5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料状態 | pH: 4.9 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software | 名称: ![]() |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |