PDB-2ign: Crystal structure of recombinant pyranose 2-oxidase H167A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ign

タイトル

Crystal structure of recombinant pyranose 2-oxidase H167A mutant

要素

Pyranose oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / H167A MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Divne, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for substrate binding and regioselective oxidation of monosaccharides at c3 by pyranose 2-oxidase.
著者: Kujawa, M. / Ebner, H. / Leitner, C. / Hallberg, B.M. / Prongjit, M. / Sucharitakul, J. / Ludwig, R. / Rudsander, U. / Peterbauer, C. / Chaiyen, P. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2006年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Advisory / Data collection / Refinement description カテゴリ: diffrn_source / pdbx_validate_close_contact / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _software.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ign.cif.gz	1018.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ign.ent.gz	832.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ign.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ign_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ign_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	2ign_validation.xml.gz	229 KB	表示
CIF形式データ	2ign_validation.cif.gz	327.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ign ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ign	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2igkC 2igmC 2igoC 1tt0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2igo-1 3lsh-d 3bg6-1 4moj-d 3k4k-1 2igo-2 1tzl-1 3k4m-1 1tzl-2 3fdy-1 3lsi-1 2igm-2 4mom-d 2igm-1 3k4j-1 4moi-1 4moe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose oxidase

B: Pyranose oxidase

D: Pyranose oxidase

C: Pyranose oxidase

E: Pyranose oxidase

F: Pyranose oxidase

H: Pyranose oxidase

G: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

563 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose oxidase

B: Pyranose oxidase

D: Pyranose oxidase

C: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Pyranose oxidase

F: Pyranose oxidase

H: Pyranose oxidase

G: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.066, 102.996, 168.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyranose oxidase / Pyranose 2-oxidase 分子量: 69346.711 Da / 分子数: 8 / 変異: H167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 12-13% monomethyl ether PEG 2000, 0.1 M mes, 50 mM CaCl2, 25% glycerol , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月22日
放射	モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→39 Å / Num. all: 659653 / Num. obs: 660306 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 11.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.65→39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.877 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20532	6563	1 %	RANDOM
R_work	0.17188	-	-	-
all	0.17222	659652	-	-
obs	0.17222	653089	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36480	0	520	4758	41758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	37985
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.964	51705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	62175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.744	5	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.028	24.525	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.419	15	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.613	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.19	0.2	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	42238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	9481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	29685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	18863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	19835
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.308	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.391	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.345	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.451	1.5	29422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.302	1.5	9264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.651	2	37688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.771	3	17163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.774	4.5	14017
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	483	-
R_work	0.255	48213	-
obs	-	-	99.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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