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- PDB-2igm: Crystal structure of recombinant pyranose 2-oxidase H548N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2igm
タイトルCrystal structure of recombinant pyranose 2-oxidase H548N mutant
要素Pyranose oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / ACTIVE-SITE MUTANT / H548N / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold - #50 / Pyranose 2-oxidase / Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyranose 2-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes ochracea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Divne, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for substrate binding and regioselective oxidation of monosaccharides at c3 by pyranose 2-oxidase.
著者: Kujawa, M. / Ebner, H. / Leitner, C. / Hallberg, B.M. / Prongjit, M. / Sucharitakul, J. / Ludwig, R. / Rudsander, U. / Peterbauer, C. / Chaiyen, P. / Haltrich, D. / Divne, C.
履歴
登録2006年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyranose oxidase
B: Pyranose oxidase
D: Pyranose oxidase
C: Pyranose oxidase
E: Pyranose oxidase
F: Pyranose oxidase
G: Pyranose oxidase
H: Pyranose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,96424
ポリマ－555,1188
非ポリマー7,84616
水76,6544255
1
A: Pyranose oxidase
B: Pyranose oxidase
D: Pyranose oxidase
C: Pyranose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,48212
ポリマ－277,5594
非ポリマー3,9238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24680 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area81630 Å2
手法PISA
2
E: Pyranose oxidase
F: Pyranose oxidase
G: Pyranose oxidase
H: Pyranose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,48212
ポリマ－277,5594
非ポリマー3,9238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24760 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area81020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.431, 103.142, 168.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyranose oxidase / Pyranose 2-oxidase


分子量: 69389.742 Da / 分子数: 8 / 変異: H548N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 12-13% monomethyl ether PEG 2000, 0.1 M mes, 50 mM CaCl2, 25% glycerol , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 414274 / Num. obs: 436427 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.541 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18913 4236 1 %RANDOM
Rwork0.15171 ---
all0.15209 422203 --
obs0.15209 417976 96.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36480 0 520 4255 41255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02237982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0225526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.96451697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.989362222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81954636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63724.5361801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.44156102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.04215216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.25632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0242216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.28242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.228183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.218320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.218815
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.23398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1640.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.320.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3681.529678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2681.59260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.552237668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.598317213
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6254.514029
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 300 -
Rwork0.196 30642 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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