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万見
- PDB-2iga: Structure of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B. fuscum i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iga
タイトルStructure of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B. fuscum in complex with reactive intermediates formed via in crystallo reaction with 4-nitrocatechol at low oxygen concentrations.
要素Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxygenase / extradiol / Fe(II) / homoprotocatechuate / alkylperoxo intermediate / substrate-semiquinone / open-ring product
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. ...homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN MOLECULE / Chem-XX2 / Chem-XX3 / 2-KETO,5-NITRO,6-HYDROXY-3,5-HEXADIENOIC ACID / Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium fuscum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of Fe2+ dioxygenase superoxo, alkylperoxo, and bound product intermediates
著者: Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2006年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
B: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
C: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
D: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,37131
ポリマ－167,0214
非ポリマー2,35027
水18,7721042
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21040 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area43610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.678, 153.022, 96.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1198-

HOH

21A-1277-

HOH

31D-1001-

HOH

詳細A homotetramer composed of chains A-D is the biological unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase


分子量: 41755.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium fuscum (バクテリア)
株: ATCC 15993 / 遺伝子: hpcd / プラスミド: pYZW204 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q45135, 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase

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非ポリマー , 9種, 1069分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-XXP / 2-KETO,5-NITRO,6-HYDROXY-3,5-HEXADIENOIC ACID


分子量: 187.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO6
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-XX3 / (1S)-1-HYDROPEROXY-1-HYDROXY-2-KETO-5-NITROCYCLOHEXA-3,5-DIENE


分子量: 187.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO6
#8: 化合物 ChemComp-XX2 / 1-KETO,2-HYDROXY,4-NITROBENZENE, 1 ELECTRON OXIDIZED


分子量: 154.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4NO4
#9: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 292 K / pH: 6.5
詳細: 18% PEG8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate. Prior to freezing in liquid nitrogen, crystals were sequentially transferred into mother liquor solutions containing 5, 10, 15, ...詳細: 18% PEG8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate. Prior to freezing in liquid nitrogen, crystals were sequentially transferred into mother liquor solutions containing 5, 10, 15, and then 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.23983
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK SAGITALLY FOCUSED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→52.7 Å / Num. obs: 105058 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 2.08 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F1X

1f1x


解像度: 1.95→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.316 / SU ML: 0.123 / Isotropic thermal model: isotropic / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 5277 5 %
Rwork0.185 --
all-104994 -
obs-104994 87.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→52.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11600 0 139 1042 12781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02112196
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.94916584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3451486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72723.514666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.294151937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.43215106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.25664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.28107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1950.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1121.57451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36211695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5535379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4674.54865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 422 -
Rwork0.253 7590 -
obs--91.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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