PDB-2ig6: Crystal structure of a nimc/nima family protein (ca_c2569) from c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ig6

タイトル

Crystal structure of a nimc/nima family protein (ca_c2569) from clostridium acetobutylicum at 1.80 A resolution

要素

NimC/NimA family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium acetobutylicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NimC/NimA family protein (NP_349178.1) from Clostridium Acetobutylicum at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ig6.cif.gz	81.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ig6.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ig6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ig6_validation.pdf.gz	803.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ig6_full_validation.pdf.gz	805.7 KB	表示
XML形式データ	2ig6_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	2ig6_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ig6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ig6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r5s-2 3bim-3 3otl-d 3bim-1 6jye-d 3o65-4 7crx-d 6jyc-d 4xb9-d 5cra-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367116

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NimC/NimA family protein

B: NimC/NimA family protein

ヘテロ分子

35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.431, 65.305, 108.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NimC/NimA family protein 分子量: 17473.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア) 遺伝子: NP_349178.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97G05

-
非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7 詳細: 3.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.918370, 0.979251, 0.978981

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.979251	1
3	0.978981	1

反射

解像度: 1.8→26.861 Å / Num. obs: 33939 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.85	3.6	0.408	1.9	8952	2473	0.408	96.5
1.85-1.9	3.6	0.325	2.4	8728	2420	0.325	96.8
1.9-1.95	3.6	0.241	3	8496	2379	0.241	97
1.95-2.01	3.6	0.178	4.3	8360	2307	0.178	96.9
2.01-2.08	3.6	0.148	4.6	7884	2220	0.148	97.3
2.08-2.15	3.6	0.108	7.1	7758	2162	0.108	97.3
2.15-2.23	3.6	0.091	8.2	7490	2082	0.091	97.3
2.23-2.32	3.5	0.089	3.3	7248	2052	0.089	97.6
2.32-2.43	3.5	0.074	9.2	6809	1926	0.074	97.7
2.43-2.55	3.5	0.065	10	6548	1861	0.065	97.9
2.55-2.68	3.5	0.058	11.4	6253	1785	0.058	98.2
2.68-2.85	3.5	0.051	12.7	5934	1701	0.051	98
2.85-3.04	3.5	0.042	14.8	5467	1581	0.042	97.7
3.04-3.29	3.5	0.039	15.8	5175	1495	0.039	97.5
3.29-3.6	3.4	0.035	17.3	4581	1365	0.035	97.2
3.6-4.02	3.2	0.035	17.7	3981	1230	0.035	96.1
4.02-4.65	3.2	0.035	18.9	3161	993	0.035	88.4
4.65-5.69	3.3	0.04	15.9	2975	892	0.04	92.4
5.69-8.05	3.1	0.044	14.6	2218	717	0.044	92.7
8.05-29.83	2.6	0.052	11.7	760	298	0.052	66.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→26.861 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 4.516 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENO METHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	1706	5 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
all	0.17	-	-	-
obs	-	33899	95.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.268 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.861 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2251	0	59	275	2585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.975	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.782	3	4925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.076	5	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.964	24.444	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.711	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.641	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.125	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.037	3	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.452	3	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.674	5	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.927	7	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.056	9	956

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	111	-
R_work	0.214	2346	-
obs	-	2457	96.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1686	-0.1081	0.2203	1.6096	-0.2348	2.1523	-0.0745	-0.3094	0.0328	0.2603	0.0047	0.1446	-0.2059	-0.1679	0.0698	-0.1017	0.0118	0.0358	-0.0816	-0.0464	-0.2512	32.18	59.435	26.263
2	1.4549	-0.1952	-0.138	0.4463	-0.0928	2.4562	-0.0507	0.1158	-0.0075	-0.1046	-0.0884	-0.01	0.0215	0.1661	0.1391	-0.1507	-0.0146	0.0296	-0.1299	0.0058	-0.26	43.368	53.098	3.069

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	-11 - 131	8 - 150
2	2	B	B	-9 - 131	10 - 150

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