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- PDB-2ifa: Crystal Structure of the PUTATIVE NITROREDUCTASE (SMU.260) IN COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ifa
タイトルCrystal Structure of the PUTATIVE NITROREDUCTASE (SMU.260) IN COMPLEX WITH FMN FROM STREPTOCOCCUS MUTANS, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS TARGET SMR5.
要素Hypothetical protein SMU.260
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Nitroreductase Frm2/Hbn1-like / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Nitroreductase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Forouhar, F. / Chen, Y. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Byler, T. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2006年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年10月3日ID: 1YW3
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein SMU.260
B: Hypothetical protein SMU.260
C: Hypothetical protein SMU.260
D: Hypothetical protein SMU.260
E: Hypothetical protein SMU.260
F: Hypothetical protein SMU.260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,71612
ポリマ－141,9786
非ポリマー2,7386
水8,845491
1
A: Hypothetical protein SMU.260
B: Hypothetical protein SMU.260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2394
ポリマ－47,3262
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical protein SMU.260
D: Hypothetical protein SMU.260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2394
ポリマ－47,3262
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
3
E: Hypothetical protein SMU.260
F: Hypothetical protein SMU.260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2394
ポリマ－47,3262
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7910 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.435, 60.871, 109.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein SMU.260


分子量: 23662.988 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: SMU.260 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8DW21
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, 18% PEG3350, 240 MM AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 10 MM FMN, AND 5 DTT., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.03 Å / Num. all: 110600 / Num. obs: 106951 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 10679 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 244508.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 9648 9.8 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.22 110600 --
obs0.218 98879 89.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4646 Å2 / ksol: 0.328468 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å25.73 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----1.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9511 0 186 491 10188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1404 9.5 %
Rwork0.221 13448 -
obs-13448 80.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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