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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ifa | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the PUTATIVE NITROREDUCTASE (SMU.260) IN COMPLEX WITH FMN FROM STREPTOCOCCUS MUTANS, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS TARGET SMR5. | |||||||||
要素 | Hypothetical protein SMU.260 | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Chen, Y. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Byler, T. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ifa.cif.gz | 253.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ifa.ent.gz | 214.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ifa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ifa_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ifa_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2ifa_validation.xml.gz | 55.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ifa_validation.cif.gz | 73.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/2ifa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/2ifa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23662.988 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: SMU.260 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8DW21 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, 18% PEG3350, 240 MM AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 10 MM FMN, AND 5 DTT., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97894 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97894 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→29.03 Å / Num. all: 110600 / Num. obs: 106951 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 10679 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 244508.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4646 Å2 / ksol: 0.328468 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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