PDB-2ief: Structure of the cooperative Excisionase (Xis)-DNA complex reveal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ief

タイトル

Structure of the cooperative Excisionase (Xis)-DNA complex reveals a micronucleoprotein filament

要素

15-mer DNA
19-mer DNA
34-mer DNA
Excisionase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Excisionase / Recombination Directionality Factor / Site Specific Recombination / Micronucleoprotein Filament / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

provirus excision / DNA recombination / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage lambda (λファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Abbani, M.A. / Papagiannis, C.V. / Sam, M.D. / Cascio, D. / Johnson, R.C. / Clubb, R.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structure of the cooperative Xis-DNA complex reveals a micronucleoprotein filament that regulates phage lambda intasome assembly.
著者: Abbani, M.A. / Papagiannis, C.V. / Sam, M.D. / Cascio, D. / Johnson, R.C. / Clubb, R.T.

履歴

登録	2006年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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類似性 (1)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

D: 15-mer DNA

E: 19-mer DNA

F: 34-mer DNA

A: Excisionase

B: Excisionase

C: Excisionase

41.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.655, 111.655, 76.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: DNA鎖	15-mer DNA 分子量: 4620.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: first strand, 5'-end
#2: DNA鎖	19-mer DNA 分子量: 5840.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: first strand, 3'-end
#3: DNA鎖	34-mer DNA 分子量: 10404.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: second strand
#4: タンパク質	Excisionase / Xis 分子量: 6793.799 Da / 分子数: 3 / Mutation: C28S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: Xis / プラスミド: pSBET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03699
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.88 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Ammonium Acetate 0.1M Sodium Citrate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 4000	1	1
2	Ammonium Acetate	1	1
3	Sodium Citrate	1	1
4	PEG 4000	1	2
5	Ammonium Acetate	1	2
6	Sodium Citrate	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double Crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→93.25 Å / Num. all: 16295 / Num. obs: 16295 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 68.1 Å² / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.13 / R_sym value: 0.451 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.2	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.601→55.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 17.676 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24577	863	5 %	RANDOM
R_work	0.19876	-	-	-
obs	0.20105	16295	99.92 %	-
all	-	16295	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0.17 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.298 Å	0.538 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→55.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1394	1385	0	39	2818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.653	2.53	4335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.703	3	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.928	5	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.226	20.247	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.501	15	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.558	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.223	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.242	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.955	2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.751	2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.788	1	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.799	2	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.913	3	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.601→2.669 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.447	70	-
R_work	0.354	1161	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4714	-0.539	-1.8949	5.4013	-0.056	3.1191	-0.0387	-0.3925	0.0578	0.3737	0.135	-0.3856	-0.0096	-0.0432	-0.0963	-0.0789	0.0761	-0.0137	-0.0751	-0.0058	-0.0345	23.88	46.9288	9.8377
2	6.0323	-3.3	-1.414	4.1177	-0.8928	4.8594	0.026	0.0057	0.2112	-0.1968	0.0261	-0.1567	0.0184	0.0213	-0.052	-0.0599	0.0177	0.0254	-0.0514	-0.0218	-0.085	3.3712	63.25	13.0315
3	4.7026	-1.3137	0.4019	6.9826	-0.982	3.3746	-0.0513	-0.0292	0.4578	-0.0026	-0.1187	0.1636	-0.2963	-0.3299	0.17	-0.1272	0.008	-0.0267	-0.0467	-0.0076	0.0055	-12.61	82.866	23.585
4	4.8985	-3.2493	-0.9411	8.5196	1.6572	1.8273	0.1459	0.826	-0.0022	-0.4825	-0.557	0.878	-0.1312	-0.4396	0.4111	-0.1166	0.0066	-0.1531	0.0384	-0.0294	-0.0122	-23.5392	78.6459	15.1837
5	10.941	-8.4287	0.4905	7.7824	0.1966	0.4626	0.0154	-0.0484	-1.8666	0.3098	-0.0619	1.1503	0.1728	0.3589	0.0465	0.0032	0.0041	-0.0016	-0.078	0.0967	0.1776	9.3259	37.6576	12.2578
6	5.0641	-3.7001	-0.6398	4.1616	0.9413	0.4493	0.142	0.1977	-0.6832	-0.076	-0.3194	0.7419	0.0305	-0.1462	0.1774	-0.0724	-0.0314	-0.0256	0.0293	0.027	-0.0757	-3.9159	54.2314	13.5996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	D	2 - 55	2 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	E	2 - 51	2 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	F	2 - 53	2 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	A	1 - 15	1 - 15
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	B	16 - 34	1 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	C	35 - 68	1 - 34

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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