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万見
- PDB-2ie1: Polyamines stabilize left-handed Z-DNA. We found new type of poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ie1
タイトルPolyamines stabilize left-handed Z-DNA. We found new type of polyamine which stabilize left-handed Z-DNA by X-ray crystallography
要素DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
キーワードDNA / deoxy nucleic acid / d(CGCGCG)2 / Z-DNA / N1-{2-[2-(2-Amino-ethylamino)-ethylamino]-ethyl}-ethane-1 / 2-diamine / PA(2222) / polyamine / metal free crystal structure
機能・相同性Chem-PAW / DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ohishi, H. / Odoko, M. / Tsukamoto, K. / Hiyama, Y. / Maezaki, N. / Grzeskowiak, K. / Ishida, T. / Tanaka, T. / Okabe, N. / Fukuyama, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Polyamines stabilize left-handed Z-DNA. We found new type of polyamine which stabilize left-handed Z-DNA by X-ray crystallography
著者: Ohishi, H. / Odoko, M. / Tsukamoto, K. / Hiyama, Y. / Maezaki, N. / Grzeskowiak, K. / Ishida, T. / Tanaka, T. / Okabe, N. / Fukuyama, K.
履歴
登録2006年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月29日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_entity_src_syn.details ..._pdbx_database_related.db_name / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9994
ポリマ－3,6202
非ポリマー3792
水99155
1
A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9988
ポリマ－7,2414
非ポリマー7574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x+1/2,-y+2,z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)17.64, 30.38, 43.63
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-PAW / N-(2-AMINOETHYL)-N'-{2-[(2-AMINOETHYL)AMINO]ETHYL}ETHANE-1,2-DIAMINE / N1-{2-[2-(2-AMINO-ETHYLAMINO)-ETHYLAMINO]-ETHYL}-ETHANE-1,2-DIAMINE / テトラエチレンペンタミン


分子量: 189.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H23N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.533237 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月28日 / 詳細: monochro
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 3346 / Num. obs: 3249 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 8.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 6400
反射 シェル最高解像度: 1.6 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 6400 / Num. unique all: 3346 / Rsym value: 0.047 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MERLOT位相決定
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dj6 in PDB

1dj6


解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 320 -random
Rwork0.19 ---
all0.204 3346 --
obs0.202 3249 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 274 82 165 521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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