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- PDB-2ido: Structure of the E. coli Pol III epsilon-Hot proofreading complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ido
タイトルStructure of the E. coli Pol III epsilon-Hot proofreading complex
要素
  • DNA polymerase III epsilon subunit
  • Hot protein
キーワードTRANSFERASE / Polymerase / exonuclease / Hot / epsilon / Pol III
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / DNA replication proofreading / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / DNA replication proofreading / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III-theta / DNA polymerase III-theta, bacterial / DNA polymerase III-theta superfamily / DNA polymerase III, theta subunit / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H ...DNA polymerase III-theta / DNA polymerase III-theta, bacterial / DNA polymerase III-theta superfamily / DNA polymerase III, theta subunit / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA polymerase III subunit epsilon / Hot
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kirby, T.W. / Harvey, S. / DeRose, E.F. / Chalov, S. / Chikova, A.K. / Perrino, F.W. / Schaaper, R.M. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
著者: Kirby, T.W. / Harvey, S. / DeRose, E.F. / Chalov, S. / Chikova, A.K. / Perrino, F.W. / Schaaper, R.M. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2006年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III epsilon subunit
B: Hot protein
C: DNA polymerase III epsilon subunit
D: Hot protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,88412
ポリマ－60,9034
非ポリマー9818
水7,728429
1
A: DNA polymerase III epsilon subunit
B: Hot protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8845
ポリマ－30,4522
非ポリマー4323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
2
C: DNA polymerase III epsilon subunit
D: Hot protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0017
ポリマ－30,4522
非ポリマー5495
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.289, 77.289, 212.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2155-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA polymerase III epsilon subunit


分子量: 20741.689 Da / 分子数: 2 / 断片: exonuclease domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaQ, mutD / プラスミド: pOXO4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03007, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 Hot protein


分子量: 9709.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterobacteria phage (ウイルス) / 属: P1-like viruses / 株: P1 / 遺伝子: hot / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: Q71T70

-
非ポリマー , 4種, 437分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals grown in .1M Tris, 5mM MnSO4, 5mM dTMP, and 22% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月27日 / 詳細: VariMax
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 38546 / Num. obs: 37506 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2890 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 76.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J53

1j53


解像度: 2.1→24.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 282736.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 3522 10 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 38819 --
obs0.209 35297 91.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.0083 Å2 / ksol: 0.316647 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3959 0 51 429 4439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.942.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 458 9.9 %
Rwork0.269 4150 -
obs--73.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: all.param / Topol file: all.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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