[日本語] English
万見
- PDB-2idn: NMR structure of a new modified Thrombin Binding Aptamer containi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2idn
タイトルNMR structure of a new modified Thrombin Binding Aptamer containing a 5'-5' inversion of polarity site
要素3'-D(P*GP*G*T)-5'-5'-D(P*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / Inversion of polarity / TBA / anticoagulant / quadruplex / 5'-5'
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Randazzo, A. / Martino, L. / Virno, A. / Mayol, L. / Giancola, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: A new modified thrombin binding aptamer containing a 5'-5' inversion of polarity site.
著者: Martino, L. / Virno, A. / Randazzo, A. / Virgilio, A. / Esposito, V. / Giancola, C. / Bucci, M. / Cirino, G. / Mayol, L.
履歴
登録2006年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The phosphate group in T3 is missing due to the 5'-3' inversion of this strand.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3'-D(P*GP*G*T)-5'-5'-D(P*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7431
ポリマ－4,7431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: DNA鎖 3'-D(P*GP*G*T)-5'-5'-D(P*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 4743.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The original sequence (the one without inversion of polarity) has been selected in the SELEX process

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2212D NOESY
2311H-15N HSQC
1422D TOCSY
152PE-COSY
1622D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques, and by using a 1H-15N HSQC performed on the unlabeled molecule

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM phosphate buffer K, 70 mM KCl, 0.2 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
220 mM phosphate buffer K, 70 mM KCl, 0.2 mM EDTA, D2OD2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17ambient 298 K
27ambient 278 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Unity InovaVarianUnity Inova7001
Varian Unity InovaVarianUnity Inova5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Insight II2005Accelrysデータ解析
DiscoverAccelrys精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 288 restraints, 198 are NOE-derived distance constraints, 54 dihedral angle restraints, 36 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る