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万見
- PDB-2ide: Crystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ide
タイトルCrystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein C (TTHA1789) from Thermus Theromophilus HB8
要素Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / MOAC / MOLYBDENUM COFACTOR (MOCO) / MOCO BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic pyranopterin monophosphate synthase / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
: / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdenum cofactor biosynthesis C / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain superfamily / MoaC family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cyclic pyranopterin monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Vasuki Ranjani, C. / Sekar, K. / Baba, S. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein C (TTHA1789) from Thermus Theromophilus HB8
著者: Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Vasuki Ranjani, C. / Sekar, K. / Baba, S. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
C: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
D: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
E: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
F: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
G: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
H: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
I: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
J: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
K: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
L: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,50124
ポリマ－203,36112
非ポリマー1,14012
水28,5361584
1
A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
C: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
D: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
E: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
F: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,25012
ポリマ－101,6806
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22730 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA, PQS
2
G: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
H: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
I: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
J: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
K: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
L: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,25012
ポリマ－101,6806
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22730 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.809, 109.836, 115.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The crystallographic symmetric unit which consists of 12 monomers (A,B,C,D,E,F,G,H,I,J, K,L). Biological unit is hexamer

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要素

#1: タンパク質
Molybdenum cofactor biosynthesis protein C


分子量: 16946.742 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHE1
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 25%, 1,2-propanediol, 5% PEG3000, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: RH Coated Bent-Cyrindrical Mirror
放射モノクロメーター: SI-111 Double crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 121501 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.045
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.174 / Num. unique all: 12072 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EKR

1ekr


解像度: 1.9→49.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 6049516.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 6078 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 120366 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.4329 Å2 / ksol: 0.360197 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20.41 Å2
2--4.03 Å20 Å2
3----2.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13206 0 60 1584 14850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 733 5.3 %
Rwork0.228 13058 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater_protin.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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