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万見
- PDB-2idb: Crystal Structure of 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2idb
タイトルCrystal Structure of 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase (UbiD) from Escherichia coli, Northeast Structural Genomics Target ER459.
要素3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
キーワードLYASE / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyl-FMNH2 binding / ubiquinone biosynthetic process from chorismate / protein hexamerization / 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / UbiD C-terminal domain-like / UbiD C-terminal domain-like / UbiD decarboxylyase, bacteria / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family ...Single helix bin / UbiD C-terminal domain-like / UbiD C-terminal domain-like / UbiD decarboxylyase, bacteria / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhou, W. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Chen, C.X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Zhou, W. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Chen, C.X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase (UbiD) from Escherichia coli, Northeast Structural Genomics Target ER459.
著者: Zhou, W. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Chen, C.X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / software
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,9409
ポリマ－172,0393
非ポリマー9016
水2,774154
1
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子

A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,88018
ポリマ－344,0786
非ポリマー1,80212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area35540 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area98790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)194.295, 194.295, 106.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase / Polyprenyl p-hydroxybenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase / UBID


分子量: 57346.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ubiD, b3843 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic
参照: UniProt: P0AAB4, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM Tris, 20% PEG3350, 200mM ammonium tartrate, and 5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40.2 Å / Num. all: 86059 / Num. obs: 85887 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→40.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 62018.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS 1.1 AND XTALVIEW WERE USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 7630 9.9 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 77214 89.8 %-
all-86059 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.3894 Å2 / ksol: 0.308978 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.85 Å20 Å20 Å2
2--1.85 Å20 Å2
3----3.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10904 0 60 154 11118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 1057 10 %
Rwork0.276 9527 -
obs--73.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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