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- PDB-2icu: Crystal Structure of Hypothetical Protein YedK From Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2icu
タイトルCrystal Structure of Hypothetical Protein YedK From Escherichia coli
要素Hypothetical protein yedK
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN YEDK / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / RIKEN / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / SOS response / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Abasic site processing protein YedK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, L. / Liu, Z.J. / Li, Y. / Zhao, M. / Rose, J. / Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Protein YedK From Escherichia coli
著者: Chen, L. / Liu, Z.J. / Li, Y. / Zhao, M. / Rose, J. / Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Wang, B.C.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yedK
B: Hypothetical protein yedK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4312
ポリマ－51,4312
非ポリマー00
水13,493749
1
A: Hypothetical protein yedK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7151
ポリマ－25,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein yedK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7151
ポリマ－25,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.687, 67.366, 75.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yedK


分子量: 25715.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yedK / プラスミド: PCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76318
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.5 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (9.9 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月24日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 56919 / Num. obs: 53997 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 27.09
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 4019 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCA2STRUCTUREモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCA2STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→18.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.518 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20319 2900 5.1 %RANDOM
Rwork0.1726 ---
all0.17417 53997 --
obs0.17417 53997 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å20 Å2-0.09 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 0 749 4066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9444653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.355418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28423.373169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05115513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.241529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22379
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.871.52167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32323386
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02231437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1274.51267
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 145 -
Rwork0.216 2681 -
obs-2681 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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