PDB-2ic8: Crystal structure of GlpG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ic8

タイトル

Crystal structure of GlpG

要素

Protein glpG

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / rhomboid / intramembrane proteolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

rhomboid protease / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ha, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a rhomboid family intramembrane protease.
著者: Wang, Y. / Zhang, Y. / Ha, Y.

履歴

登録	2006年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ic8.cif.gz	52.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ic8.ent.gz	39 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ic8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ic8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ic8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6h35-1 1edo-d 2zmn-6 3re9-d 6hjh-d 4avq-3 2wax-2 6h35-2 3o6p-d 4h42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Protein glpG

ヘテロ分子

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.822, 110.822, 127.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質

Protein glpG

分子量: 20528.312 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 92-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glpG, b3424 / プラスミド: pET41b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09391

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.51 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9794, 0.9792, 0.9500

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9792	1
3	0.95	1

反射

最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 17817

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→40 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	1626	9.1 %
R_work	0.236	-	-
obs	-	16552	93 %

溶媒の処理

B_sol: 69.177 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.478 Å²	-0.564 Å²	0 Å²
2-	-	3.478 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.956 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1452	0	191	31	1674

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	carbohydrate.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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