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- PDB-2iak: Crystal Structure of a protease resistant fragment of the plakin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iak
タイトルCrystal Structure of a protease resistant fragment of the plakin domain of Bullous Pemphigoid Antigen1 (BPAG1)
要素Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
キーワードCELL ADHESION / Triple helical bundle / spectrin repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Type I hemidesmosome assembly / neurofilament cytoskeleton / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / hemidesmosome assembly / hemidesmosome / H zone / perinuclear endoplasmic reticulum / intermediate filament cytoskeleton organization / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding ...Type I hemidesmosome assembly / neurofilament cytoskeleton / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / hemidesmosome assembly / hemidesmosome / H zone / perinuclear endoplasmic reticulum / intermediate filament cytoskeleton organization / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / retrograde axonal transport / intermediate filament / intercalated disc / intracellular transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / stress fiber / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / axonogenesis / wound healing / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / Z disc / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton / nuclear envelope / actin binding / cell cortex / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / membrane => GO:0016020 / postsynaptic density / cell adhesion / axon / focal adhesion / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GAR domain / GAR domain superfamily / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / GAR domain profile. / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat ...: / GAR domain / GAR domain superfamily / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / GAR domain profile. / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Plectin repeat / Plakin / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Dystonin / Dystonin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jefferson, J.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of the plakin domain of bullous pemphigoid antigen1 (BPAG1) suggests that plakins are members of the spectrin superfamily.
著者: Jefferson, J.J. / Ciatto, C. / Shapiro, L. / Liem, R.K.
履歴
登録2006年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7523
ポリマ－26,5601
非ポリマー1922
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,51218
ポリマ－159,3606
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation37_545y+1/4,x-1/4,-z+3/41
crystal symmetry operation43_555-x+1/4,-z+1/4,-y+1/41
crystal symmetry operation46_445z-1/4,-y-1/4,x+1/41
Buried area11020 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area60370 Å2
手法PISA
3
A: Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
ヘテロ分子

A: Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
ヘテロ分子

A: Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2569
ポリマ－79,6803
非ポリマー5766
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)195.800, 195.800, 195.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 Bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5 / BPA / Hemidesmosomal plaque protein / Dystonia musculorum protein / Dystonin


分子量: 26559.941 Da / 分子数: 1 / 断片: Plakin Domain, residues 226-449 / 変異: V163A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dst, Bpag1 / プラスミド: pET SUMO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q91ZU8, UniProt: Q91ZU6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.11 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 50mM CAPSO, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 24211 / Num. obs: 24299 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0016精密化
CBASSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 24.914 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26655 647 4.9 %RANDOM
Rwork0.2263 ---
all0.226 24211 --
obs0.22819 12428 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.221 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 0 10 11 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.9482145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2395196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.88926.11172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.23815282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.057157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル最高解像度: 3 Å / Num. reflection Rwork: 892 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.40827.242-0.964132.7745-10.03227.40830.0753-0.42590.2590.4840.52121.763-0.1919-1.2829-0.5965-0.2467-0.0551-0.03910.20280.1033-0.009438.8591-9.494864.4534
20.00590.1799-0.105810.4797-5.07842.5833-0.0208-0.04550.02420.7490.1255-0.3502-0.1741-0.1756-0.1047-0.1657-0.0715-0.145-0.02430.17350.088749.3755-17.995569.7615
35.8861-1.6431.29913.4082-1.53385.7803-0.05980.3023-0.3417-0.3417-0.0239-0.42810.79490.08970.08370.04270.0505-0.1111-0.05670.0274-0.156252.6721-50.899282.9768
412.588-2.6472-17.425722.1338-13.005654.0851-0.9683-0.6559-1.53231.2240.4972-0.71242.7747-1.390.47110.43470.0565-0.2308-0.0370.04910.005851.994-64.445993.1062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3A113 - 206
4X-RAY DIFFRACTION4A207 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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