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- PDB-2iai: Crystal structure of SCO3833, a member of the TetR transcriptiona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iai
タイトルCrystal structure of SCO3833, a member of the TetR transcriptional regulator family from Streptomyces coelicolor A3
要素Putative transcriptional regulator SCO3833
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / TETR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zimmerman, M.D. / Xu, X. / Wang, S. / Gu, J. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of SCO3833, a member of the TetR transcriptional regulator family from Streptomyces coelicolor A3
著者: Zimmerman, M.D. / Xu, X. / Wang, S. / Gu, J. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2006年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHORS STATE, HOWEVER, THAT THIS BIOLOGICAL ASSEMBLY HAS NOT BEEN EXPERIMENTALLY DETERMINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator SCO3833


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8481
ポリマ－25,8481
非ポリマー00
水5,152286
1
A: Putative transcriptional regulator SCO3833

A: Putative transcriptional regulator SCO3833


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6972
ポリマ－51,6972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.308, 61.308, 113.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-337-

HOH

詳細The biological assembly has not been experimentally determined. The PITA protein interface prediction server (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pita/) predicts that the biological assembly is a dimer, generated from the monomer in the asymmetric unit by the y, x, -z operation.

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator SCO3833


分子量: 25848.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3 / 遺伝子: SCO3833 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star magic / 参照: UniProt: Q9XA31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: Crystallized from mother liquor containing 0.1 M Tris-HCl pH=8.5 and 7%(w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→53.07 Å / Num. all: 30460 / Num. obs: 30460 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2212 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→53.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.016 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CCP4 and COOT software has also been used in the refinement. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 1537 5 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
all0.17042 28923 --
obs0.17042 28923 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.218 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→53.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 0 0 286 1845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9592327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9233812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0675221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.6620.24183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0815307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4111531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.21765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2231.51142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3461.5442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63921703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9213707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1894.5622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 107 -
Rwork0.175 2105 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.998-0.3678-2.41593.35712.30496.513-0.0722-0.1605-0.03470.10280.1495-0.24240.05410.3809-0.0773-0.14140.01990.0133-0.1244-0.0218-0.181730.58811.09-21.337
21.70161.18770.85564.37042.15183.0795-0.26450.18970.1445-0.8150.19530.0617-0.62510.14360.06910.0558-0.0372-0.017-0.11770.0358-0.09145.8771.0338.169
30.65420.6465-0.42111.64770.28230.7547-0.0581-0.0032-0.0033-0.04930.01220.047-0.0203-0.07410.0459-0.0911-0.00710.0001-0.02580.0177-0.068636.074-21.71410.577
42.12632.8318-0.07747.41950.52890.8522-0.06650.0058-0.11980.16370.1414-0.26210.0719-0.0365-0.075-0.09720.0182-0.027-0.07860.012-0.095444.661-25.23216.447
51.66430.07960.18241.6864-0.52251.4035-0.04620.0531-0.0311-0.09780.04980.14760.0787-0.1103-0.0035-0.051-0.0094-0.001-0.0377-0.0009-0.109137.71-29.1980.802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-8 - 513 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2AA12 - 6133 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3AA62 - 11283 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4AA113 - 144134 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5AA145 - 207166 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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