PDB-2iab: Crystal structure of a protein with FMN-binding split barrel fold...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iab

タイトル

Crystal structure of a protein with FMN-binding split barrel fold (NP_828636.1) from Streptomyces avermitilis at 2.00 A resolution

要素

Hypothetical protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / NP_828636.1 / hypothetical protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces avermitilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_828636.1) from STREPTOMYCES AVERMITILIS at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iab.cif.gz	78.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iab.ent.gz	58.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iab_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iab_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	2iab_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	2iab_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5v8z-d 2y9h-3 5v90-d 2xml-2 4hoo-1 1do6-d 4hoo-2 2z1f-d 1tae-4 3qva-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367003

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

ヘテロ分子

34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.890, 87.890, 151.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	2 - 74	3 - 75
2	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	2 - 74	3 - 75
3	2	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	86 - 93	87 - 94
4	2	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	86 - 93	87 - 94
5	3	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	105 - 135	106 - 136
6	3	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	105 - 135	106 - 136
7	4	MSE	MSE	LEU	LEU	A	A	145 - 151	146 - 152
8	4	MSE	MSE	LEU	LEU	B	B	145 - 151	146 - 152

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 17041.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 遺伝子: NP_828636.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q825J7
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.6 詳細: 20.0% iso-Propanol, 20.0% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97936,0.97920

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97936	1
3	0.9792	1

反射

解像度: 2→34.001 Å / Num. obs: 24072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 31.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 0.942 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05	12.3	0.688	1672	0.941	1	100
2.05-2.11	13.7	0.554	1676	1.023	1	100
2.11-2.17	14.3	0.475	1681	1.056	1	100
2.17-2.24	14.4	0.367	1698	1.075	1	100
2.24-2.32	14.4	0.298	1677	1.146	1	100
2.32-2.41	14.5	0.255	1694	1.002	1	100
2.41-2.52	14.4	0.214	1694	0.967	1	100
2.52-2.65	14.4	0.168	1708	1.038	1	100
2.65-2.82	14.4	0.119	1709	1.019	1	100
2.82-3.04	14.3	0.088	1726	0.984	1	100
3.04-3.34	14.3	0.07	1724	0.82	1	100
3.34-3.83	14.1	0.053	1757	0.725	1	100
3.83-4.82	13.9	0.042	1782	0.77	1	100
4.82-50	12.8	0.04	1932	0.636	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→34.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.288 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.157
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3.FOUR ISOPROPANOL MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION ARE BUILT IN THE MODEL. 4.A MET-INHIBITION ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1196	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
all	0.18	-	-	-
obs	0.18	24057	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0.26 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	16	234	2552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	1.985	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.891	3	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.928	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.587	22.653	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.724	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.765	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.32	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.204	3	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.79	3	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.19	5	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.075	8	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.764	11	811

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1730 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
MEDIUM THERMAL	1.28	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	86	-
R_work	0.217	1623	-
obs	-	1709	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4182	0.0604	-0.0771	1.0292	0.0188	1.6135	0.0097	0.0235	0.0361	0.0067	-0.007	0.0967	-0.0141	-0.0634	-0.0027	-0.1226	-0.0146	-0.0008	-0.1009	-0.0174	-0.104	23.61	21.3094	76.7609
2	2.3258	0.0922	-0.2496	1.6736	0.6764	2.1659	-0.0031	-0.0524	0.0732	0.4173	0.0611	0.075	0.1595	-0.2068	-0.058	0.0311	0.0035	0.0236	-0.049	-0.0078	-0.0522	18.282	22.7093	97.689

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 154	3 - 155
2	2	B	B	1 - 151	2 - 152

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