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- PDB-2i8e: Structure of SSO1404, a predicted DNA repair-associated protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i8e
タイトルStructure of SSO1404, a predicted DNA repair-associated protein from Sulfolobus solfataricus P2
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / DNA REPAIR / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Wang, S. / Zimmerman, M.D. / Kudritska, M. / Chruszcz, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A novel family of sequence-specific endoribonucleases associated with the clustered regularly interspaced short palindromic repeats.
著者: Beloglazova, N. / Brown, G. / Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Makarova, K.S. / Kudritska, M. / Kochinyan, S. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Koonin, E.V. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2006年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHORS STATE, HOWEVER, THAT THIS BIOLOGICAL ASSEMBLY HAS NOT BEEN EXPERIMENTALLY GENERATED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6015
ポリマ－12,0931
非ポリマー5084
水1,35175
1
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,20210
ポリマ－24,1872
非ポリマー1,0158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.277, 64.277, 39.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-8-

PHE

詳細The biological assembly has not been determined experimentally. The biological unit is predicted by the PITA server (http://http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pita/RunPita.pl) to be a dimer. The second part of the predicted biological assembly is generated by the operation: -x, -y-1, z.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 12093.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: SSO1404 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q97YC2
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallized in 0.2M Na iodide, 20% PEG3350, 2% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. all: 12619 / Num. obs: 12619 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 63.9
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 1219 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.59→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.102 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22708 610 4.8 %RANDOM
Rwork0.18783 ---
all0.18972 11992 --
obs0.18972 11992 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.69 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.205 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 4 75 809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.9791083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5245101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50323.41541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23515159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.091158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3350.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.411.5475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6462771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.273350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5714.5310
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.633 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 44 -
Rwork0.159 863 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.85240.7170.80841.93151.17392.59460.0195-0.11890.02850.1756-0.07830.0298-0.05-0.02880.0587-0.0427-0.0206-0.0032-0.05010.0017-0.061440.038329.065621.1118
25.13620.5067-1.82232.85792.14426.0271-0.0250.1904-0.18360.0695-0.03460.25460.0691-0.42940.0596-0.0545-0.0259-0.0157-0.00530.016-0.030132.547724.938718.6142
34.2336-1.86443.70593.2354-2.80886.24880.08020.2398-0.0898-0.038-0.08120.09870.03240.12810.0009-0.0769-0.0158-0.0027-0.02330.0003-0.055437.657525.324813.8866
42.5881-0.2632-0.22031.98484.055613.1211-0.0283-0.12220.3808-0.003-0.120.0572-0.2025-0.21070.1484-0.00190.00960.0022-0.0128-0.0032-0.021932.972636.785118.4578
51.37451.25142.63531.48952.06295.37590.0798-0.11660.15350.0472-0.0971-0.0315-0.0923-0.15520.0174-0.0217-0.0106-0.00760.008-0.0125-0.025343.725236.39224.5366
65.2431-2.28527.02563.3656-4.324713.86640.0410.1135-0.42090.02890.04640.08610.2813-0.0548-0.08740.01870.0155-0.0043-0.0198-0.0397-0.016950.962618.433710.7894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 192 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2AA20 - 3020 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3AA31 - 4631 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4AA47 - 5847 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5AA59 - 7559 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6AA76 - 8976 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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