PDB-2i80: Allosteric inhibition of Staphylococcus aureus D-alanine:D-alanin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i80

タイトル

Allosteric inhibition of Staphylococcus aureus D-alanine:D-alanine ligase revealed by crystallographic studies

要素

D-alanine-D-alanine ligase

キーワード

LIGASE / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Liu, S. / Chang, J.S. / Herberg, J.T. / Horng, M.-M. / Tomich, P.K. / Lin, A.H. / Marotti, K.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Allosteric inhibition of Staphylococcus aureus D-alanine:D-alanine ligase revealed by crystallographic studies.
著者: Liu, S. / Chang, J.S. / Herberg, J.T. / Horng, M.M. / Tomich, P.K. / Lin, A.H. / Marotti, K.R.

履歴

登録	2006年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i80.cif.gz	148.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i80.ent.gz	117.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i80_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i80_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2i80_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	2i80_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i80	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i87C 2i8cC 1ehiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i8c-d 3e5n-1 5e3a-d 4me6-1 3n8d-d 2i87-d 3q1k-2 1ehi-d 5mss-d 5e3c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (13) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (12) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-alanine-D-alanine ligase

B: D-alanine-D-alanine ligase

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.730, 66.082, 78.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-alanine-D-alanine ligase / D-alanylalanine synthetase / D-Ala-D-Ala ligase 分子量: 40796.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: strain COL / 遺伝子: ddl, ddlA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q5HEB7, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物	ChemComp-G1L / 3-CHLORO-2,2-DIMETHYL-N-[4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]PROPANAMIDE 分子量: 279.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₃ClF₃NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月10日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→79 Å / Num. all: 33377 / Num. obs: 33377 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 3.81 / Num. unique all: 1752 / R_sym value: 0.177 / % possible all: 76.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EHI

1ehi

解像度: 2.19→79.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 12.854 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25063	1667	5 %	RANDOM
R_work	0.18786	-	-	-
obs	0.191	31696	93.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0 Å²	0.27 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→79.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5496	0	36	80	5612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	5647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.963	7653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.864	3	11735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.234	5	688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.565	25.957	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.784	15	993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.331	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	5304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.359	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.229	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.22	1.5	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.217	1.5	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.517	2	5559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.364	3	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.475	4.5	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.194→2.251 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	89	-
R_work	0.186	1752	-
obs	-	-	70.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8517	0.2203	-0.7548	1.1428	-0.9285	3.4708	-0.0374	0.31	-0.107	-0.1332	-0.1493	-0.1709	0.2504	0.2279	0.1867	-0.0925	0.0439	0.0423	0.0062	0.0312	-0.0438	25.998	0.085	-4.913
2	2.3997	-0.8222	1.447	2.3813	-1.2374	2.3527	0.0996	-0.0952	-0.1905	-0.0765	0.1218	0.1096	0.5563	-0.2037	-0.2213	0.0782	-0.0595	-0.0152	-0.1003	0.0002	-0.0452	9.677	-16.614	20.84
3	1.8108	1.0123	-0.3552	1.5539	-0.1576	1.0366	0.017	0.165	0.0574	-0.0482	0.0229	0.1631	-0.0223	-0.159	-0.0399	-0.1185	0.0081	-0.0106	-0.0312	0.0211	-0.0037	5.518	1.38	3.095
4	3.0499	0.3708	0.1157	0.902	0.4811	3.3656	-0.0377	0.3088	0.0986	0.0483	0.0559	-0.0761	-0.3602	0.6227	-0.0182	-0.076	-0.0467	-0.0161	0.0778	0.046	-0.0481	42.15	2.898	17.406
5	0.5807	-0.8968	0.389	3.0711	-1.1667	3.877	-0.1369	-0.0357	0.033	0.1747	0.156	0.0753	-0.5331	-0.2494	-0.019	0.0155	0.0326	0.0101	-0.088	-0.0259	-0.0255	10.986	14.829	26.465
6	1.5624	-0.5306	-0.4701	1.2229	0.5289	2.0389	-0.0486	-0.0391	-0.0588	0.2259	-0.0352	0.0067	0.0539	0.1413	0.0838	0.0087	0.0067	-0.0117	-0.0892	0.0076	-0.0579	28.482	-2.317	33.619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 125	3 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	126 - 219	126 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	220 - 358	220 - 358
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	3 - 125	3 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	126 - 219	126 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	220 - 360	220 - 360

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)