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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i7r | ||||||
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タイトル | conserved domain protein | ||||||
![]() | Conserved domain protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / structural genomics conserved domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta / Conserved domain protein / Conserved domain protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Duke, N.E.C. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: conserved domain protein 著者: Duke, N.E.C. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13313.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.100 M sodium citrate 2.00 M sodium chloride, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月27日 / 詳細: double crystal monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979321 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 12.7 % / Av σ(I) over netI: 8.5 / 数: 376937 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29639 / % possible obs: 99.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15324 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Num. unique all: 2952 / Χ2: 0.828 / % possible all: 99.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.417 / FOM acentric: 0.446 / FOM centric: 0 / 反射: 10503 / Reflection acentric: 9815 / Reflection centric: 688 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 2.05 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.3 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 9815 / Reflection centric: 688 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.599 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
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