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- PDB-2i7r: conserved domain protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i7r
タイトルconserved domain protein
要素Conserved domain protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / structural genomics conserved domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta / Conserved domain protein / Conserved domain protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Duke, N.E.C. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: conserved domain protein
著者: Duke, N.E.C. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6272
ポリマ－26,6272
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.624, 97.624, 55.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Conserved domain protein


分子量: 13313.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q97RR3, UniProt: A0A0H2UP77*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.100 M sodium citrate 2.00 M sodium chloride, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979321 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月27日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979321 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12.7 % / Av σ(I) over netI: 8.5 / 数: 376937 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29639 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.745099.310.0381.39713.1
3.764.7499.310.0421.16813.3
3.293.7699.510.0691.34213.5
2.993.2999.310.0991.19513.7
2.772.9999.410.1661.00413.7
2.612.7799.410.2571.01613.7
2.482.6199.410.3111.00513.6
2.372.4899.510.3860.96412.7
2.282.3799.410.4540.8611
2.22.2899.210.4590.8288.6
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15324 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Num. unique all: 2952 / Χ2: 0.828 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.417 / FOM acentric: 0.446 / FOM centric: 0 / 反射: 10503 / Reflection acentric: 9815 / Reflection centric: 688
Phasing MAD setR cullis acentric: 2.05 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.3 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 9815 / Reflection centric: 688
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
14.81-500.940.60.63616
8.7-14.811.150.70.517438
6.15-8.72.010.60.341054
4.76-6.151.790.60.375979
3.88-4.761.190.40.3118796
3.28-3.881.480.20.11741114
2.84-3.284.30.202383135
2.5-2.848.650.203125156
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se31.2110.9350.3250.1620
2Se31.2870.1850.4150.0730
3Se46.8170.6310.8020.0770
4Se52.8060.3460.0660.1590
5Se36.5630.0250.3250.0760
6Se40.270.0830.3470.1590
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
14.81-500.4240.6120523616
8.7-14.810.4380.534021217438
6.15-8.70.5110.579046441054
4.76-6.150.5340.589083875979
3.88-4.760.5210.56301283118796
3.28-3.880.4930.525018551741114
2.84-3.280.410.433025182383135
2.5-2.840.2940.308032813125156

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→33.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 5.846 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.208
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 787 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 15372 --
obs0.2 15324 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.599 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 0 0 87 1899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.9582508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4755228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3626.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59515320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.265154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1321.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71421850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6093747
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9684.5658
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 55 -
Rwork0.214 1048 -
obs-1103 99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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