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万見
- PDB-2i7c: The crystal structure of spermidine synthase from p. falciparum i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i7c
タイトルThe crystal structure of spermidine synthase from p. falciparum in complex with AdoDATO
要素Spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE / spermidine synthase / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of polyamines / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / S-ADENOSYL-1,8-DIAMINO-3-THIOOCTANE / Spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Qiu, W. / Dong, A. / Ren, H. / Wu, H. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Lew, J. / Kozieradski, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Qiu, W. / Dong, A. / Ren, H. / Wu, H. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Lew, J. / Kozieradski, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Plotnikov, A.N. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with the substrate decarboxylated S-adenosylmethionine and the potent inhibitors 4MCHA and AdoDATO.
著者: Dufe, V.T. / Qiu, W. / Muller, I.B. / Hui, R. / Walter, R.D. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2006年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,71511
ポリマ－96,6633
非ポリマー2,0518
水10,287571
1
A: Spermidine synthase
ヘテロ分子

A: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9788
ポリマ－64,4422
非ポリマー1,5366
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
2
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7267
ポリマ－64,4422
非ポリマー1,2845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.168, 134.685, 48.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-884-

HOH

21A-937-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Spermidine synthase


分子量: 32221.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-Rosetta Oxford / 参照: UniProt: Q8II73, spermidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-AAT / S-ADENOSYL-1,8-DIAMINO-3-THIOOCTANE


分子量: 423.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N7O3S
#3: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 23% w/v PEG3350, 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris, 15% glycerol, 1 mM AdoDATO (S-adenosyl-1,8-diamino-3-thiooctane), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. all: 137061 / Num. obs: 126855 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 3482 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2HTE

2hte


解像度: 1.71→35.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.257 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19384 6456 5 %RANDOM
Rwork0.17531 ---
obs0.17624 122193 93.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.045 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.15 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→35.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6753 0 139 571 7463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.9859674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38325.828302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.125151307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.337156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.23323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24933
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0940.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8091.54430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25226961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96733196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9184.52697
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.752 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 310 -
Rwork0.301 5523 -
obs--57.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1663-0.18420.25860.0298-0.03040.20910.1403-0.0063-0.125-0.0208-0.06040.01230.02180.0262-0.0799-0.03240.0032-0.0967-0.0254-0.00350.11213.459109.25328.722
20.2669-0.3087-0.16390.79110.40030.2031-0.02260.0096-0.01560.05570.0159-0.01910.0879-0.00750.00670.0316-0.00910.01430.0036-0.013-0.013438.803134.90352.039
30.1398-0.0582-0.06110.72390.08580.2413-0.01110.01730.02480.04770.0143-0.0314-0.0308-0.0439-0.00320.0248-0.00570.02170.0129-0.0011-0.024933.156165.71861.651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2823 - 283
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2813 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 2823 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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