PDB-2i6g: Crystal structure of a putative methyltransferase (tehb, stm1608)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i6g

タイトル

Crystal structure of a putative methyltransferase (tehb, stm1608) from salmonella typhimurium lt2 at 1.90 A resolution

要素

Putative methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosyl-l-methionine-dependent methyltransferase fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

response to tellurium ion / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative METHYLTRANSFERASE (16420133) from SALMONELLA TYPHIMURIUM LT2 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE PROTEIN WAS REDUCTIVELY METHYLATED PRIOR TO CRYSTALLIZATION. THE CONSTRUCT WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i6g.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i6g.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2i6g_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i6g_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	2i6g_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2i6g_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i31-2 6kk6-d 3sv8-d 4u01-6 1ee6-d 3hbe-d 5qc5-2 4u01-8 4nwl-1 2ag2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 359588

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative methyltransferase

B: Putative methyltransferase

ヘテロ分子

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.889, 60.155, 72.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-400- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	ASP	A	A	0 - 137	1 - 138
2	1	GLY	ASP	B	B	0 - 137	1 - 138
3	2	PHE	GLY	A	A	147 - 173	148 - 174
4	2	PHE	GLY	B	B	147 - 173	148 - 174
5	3	MLY	ALA	A	A	186 - 198	187 - 199
6	3	MLY	ALA	B	B	186 - 198	187 - 199

#1: タンパク質	Putative methyltransferase 分子量: 22842.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: 16420133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZPC3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8.5 詳細: 0.2M NaOAc, 30.0% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97927,0.97913

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月2日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97927	1
3	0.97913	1

反射

解像度: 1.8→29.604 Å / Num. obs: 35397 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-1.95	3.7	0.624	1.2	9486	2584	0.624	100
1.95-2	3.7	0.48	1.6	9286	2525	0.48	100
2-2.06	3.7	0.409	1.8	9043	2456	0.409	100
2.06-2.12	3.7	0.369	2	8635	2354	0.369	100
2.12-2.19	3.7	0.297	2.5	8487	2313	0.297	100
2.19-2.27	3.7	0.27	2.7	8184	2225	0.27	100
2.27-2.36	3.7	0.215	3.4	7902	2153	0.215	100
2.36-2.45	3.7	0.2	3.7	7635	2071	0.2	100
2.45-2.56	3.7	0.185	4	7374	2005	0.185	100
2.56-2.69	3.7	0.156	4.6	7071	1934	0.156	100
2.69-2.83	3.7	0.131	5.4	6617	1812	0.131	100
2.83-3	3.6	0.11	5.9	6408	1757	0.11	100
3-3.21	3.6	0.098	6.2	5854	1611	0.098	100
3.21-3.47	3.6	0.079	8	5574	1538	0.079	100
3.47-3.8	3.6	0.061	10.5	5069	1414	0.061	100
3.8-4.25	3.6	0.057	9.2	4579	1288	0.057	100
4.25-4.91	3.5	0.056	10.3	4042	1146	0.056	100
4.91-6.01	3.5	0.07	8.1	3422	988	0.07	100
6.01-8.5	3.4	0.074	6.9	2643	780	0.074	100
8.5-29.61	3.1	0.057	7.8	1376	443	0.057	96.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.604 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.19 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1).HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2).THIS PROTEIN IS REDUCTIVELY METHYLATED. HOWEVER, DENSITY FOR MOST SOME OF THE METHYL GROUPS ARE NOT OBSERVED, MAYBE DUE TO FLEXIBILITY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	1770	5 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.192	35356	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.604 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2931	0	50	388	3369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.999	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	6638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.852	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.235	23.688	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.904	15	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.496	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.3	616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.3	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.5	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.5	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.066	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.3	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.223	0.3	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.943	2	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.242	2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.407	3	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.245	3	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.679	3	1128

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2542 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
MEDIUM THERMAL	0.58	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	134	-
R_work	0.257	2446	-
obs	-	2580	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2664	-0.625	0.4856	2.1936	-0.2086	1.7349	0.022	-0.0476	0.1316	-0.0933	-0.0645	-0.3283	-0.0213	0.1135	0.0425	-0.2753	-0.0116	0.0129	-0.2025	0.0186	-0.1076	33.723	4.622	29.337
2	1.3388	0.3831	-0.4092	0.4598	-0.543	1.2078	-0.1851	0.0256	-0.1439	-0.2445	0.0967	-0.1029	-0.0088	0.1076	0.0884	0.0242	-0.0651	0.0036	-0.2064	-0.0021	-0.129	34.205	27.171	6.177

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 137	1 - 138
2	1	A	A	147 - 173	148 - 174
3	1	A	A	186 - 198	187 - 199
4	2	B	B	0 - 198	1 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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