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- PDB-2i5t: Crystal Structure of hypothetical protein LOC79017 from Homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i5t
タイトルCrystal Structure of hypothetical protein LOC79017 from Homo sapiens
要素Protein C7orf24
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamylcyclotransferase / gamma-glutamylcyclotransferase activity / Glutathione synthesis and recycling / release of cytochrome c from mitochondria / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamylcyclotransferase / AIG2-like family / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-glutamylcyclotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Bae, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Homo sapiens protein LOC79017.
著者: Bae, E. / Bingman, C.A. / Aceti, D.J. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2006年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月15日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein C7orf24
B: Protein C7orf24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3462
ポリマ－42,3462
非ポリマー00
水2,540141
1
A: Protein C7orf24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1731
ポリマ－21,1731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein C7orf24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1731
ポリマ－21,1731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.052, 100.138, 102.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B)

-
要素

#1: タンパク質 Protein C7orf24


分子量: 21173.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C7orf24 / プラスミド: PVP 30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) pRARE2 / 参照: UniProt: O75223
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BISTRIS PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (28% PEG 2K, 0.20 M ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BISTRIS PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (28% PEG 2K, 0.20 M POTASSIUM GLUTAMATE, 0.1 M MES/ACETATE PH 5.5) CRYOPROTECTED WITH 10% ETHYLENE GLYCOL IN WELL SOLUTION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATER
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→45.621 Å / Num. obs: 24297 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 12.185
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 4.096 / % possible all: 83.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.01 Å / 最低解像度: 44.99 Å / Power centric: 0

IDR cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_100210103203
ANO_10.7691.243204870
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_18.83-44.9900189154
ISO_16.3-8.8300404167
ISO_15.16-6.300531163
ISO_14.48-5.1600650163
ISO_14.01-4.4800741165
ISO_13.66-4.0100834169
ISO_13.39-3.6600900170
ISO_13.17-3.3900978159
ISO_12.99-3.17001056166
ISO_12.84-2.99001117173
ISO_12.71-2.84001151153
ISO_12.59-2.71001256175
ISO_12.49-2.59001273168
ISO_12.4-2.49001355167
ISO_12.32-2.4001387166
ISO_12.25-2.32001442161
ISO_12.18-2.25001436148
ISO_12.12-2.18001500160
ISO_12.06-2.12001449135
ISO_12.01-2.06001361121
ANO_18.83-44.990.3054.381890
ANO_16.3-8.830.2844.6864040
ANO_15.16-6.30.3114.185310
ANO_14.48-5.160.423.1896500
ANO_14.01-4.480.4972.6177410
ANO_13.66-4.010.572.4058340
ANO_13.39-3.660.5832.2089000
ANO_13.17-3.390.6171.979780
ANO_12.99-3.170.6311.77710560
ANO_12.84-2.990.6821.4811170
ANO_12.71-2.840.7521.32111510
ANO_12.59-2.710.8021.13412560
ANO_12.49-2.590.8430.94212730
ANO_12.4-2.490.8870.80513510
ANO_12.32-2.40.9070.68113760
ANO_12.25-2.320.9350.65214140
ANO_12.18-2.250.9460.55713770
ANO_12.12-2.180.9580.50214120
ANO_12.06-2.120.9640.48512910
ANO_12.01-2.060.9690.43911860
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-0.879-76.64-18.638SE25.331.47
214.226-79.645-33.733SE24.851.51
33.264-96.217-19.476SE35.751.52
418.852-82.323-53.198SE30.691.35
55.52-89.058-2.037SE27.651.11
6-3.421-101.8848.49SE22.511.01
710.172-89.432-6.172SE38.340.66
8-8.501-105.6287.469SE58.510.98
9-27.246-47.581-7.468SE14.840.26
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 24211
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.77-10071.20.691502
6.09-7.7767.80.842504
5.28-6.0967.10.896509
4.75-5.2863.20.928530
4.36-4.7559.80.92564
4.04-4.3659.50.932641
3.79-4.0463.40.916656
3.58-3.7964.90.916705
3.4-3.5862.10.901743
3.25-3.467.60.902769
3.11-3.25660.889805
2.99-3.1167.80.896836
2.89-2.9965.70.893867
2.79-2.8967.90.9895
2.7-2.7970.80.897893
2.62-2.773.30.886982
2.55-2.6272.20.879981
2.48-2.5572.30.893988
2.42-2.4875.40.8951037
2.36-2.4274.10.8991035
2.31-2.3674.60.8991052
2.26-2.3180.50.8771112
2.21-2.2680.60.9011084
2.17-2.2183.50.8941104
2.13-2.1780.30.9071120
2.09-2.1382.70.8681106
2.05-2.0982.10.8231077
2.01-2.0583.10.7421114

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.02 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FINAL DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP SHOWS EXTENSIVE POSITIVE ELECTRON DENSITY WITHIN THE REGION SURROUNDED BY RESIDUES TYR 19, TYR 22, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FINAL DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP SHOWS EXTENSIVE POSITIVE ELECTRON DENSITY WITHIN THE REGION SURROUNDED BY RESIDUES TYR 19, TYR 22, GLY 23, SER 24, ASN 25, GLU 98, TYR 105 AND TYR 139. ATTEMPTS TO MODEL THIS DENSITY WITH CRYSTALLIZATION SOLUTION COMPONENTS WERE UNSUCCESSFUL. THE DEPOSITED STRUCTURE FACTOR FILE MAY BE USED TO EXAMINE THIS DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1233 5.092 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.186 24213 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.436 Å20 Å20 Å2
2--1.092 Å20 Å2
3----0.657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 0 141 2822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222804
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9593792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1175350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92725.692130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67615513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.502158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2650.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.71121783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01242777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.53561197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.90981015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 67 -
Rwork0.203 1416 -
obs--82.11 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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