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- PDB-2i5k: Crystal structure of Ugp1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i5k
タイトルCrystal structure of Ugp1p
要素UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / left-handed beta-helix / SGC domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / (1->6)-beta-D-glucan biosynthetic process / Glycogen synthesis / uridylyltransferase activity / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / trehalose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process ...Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / (1->6)-beta-D-glucan biosynthetic process / Glycogen synthesis / uridylyltransferase activity / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / trehalose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / cytoplasmic stress granule / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex ...UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Roeben, A. / Plitzko, J.M. / Koerner, R. / Boettcher, U.M.K. / Siegers, K. / Hayer-Hartl, M. / Bracher, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Subunit Assembly in UDP-glucose Pyrophosphorylase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Roeben, A. / Plitzko, J.M. / Koerner, R. / Boettcher, U.M.K. / Siegers, K. / Hayer-Hartl, M. / Bracher, A.
履歴
登録2006年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5852
ポリマ－109,5852
非ポリマー00
水18010
1
A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,3388
ポリマ－438,3388
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.191, 147.437, 167.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Ugp1p / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / UGPase


分子量: 54792.277 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 12-499 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: UBY49
参照: UniProt: P32861, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 6% PEG-4000, 15-18% glycerol, 140mM Mg-formate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→110.978 Å / Num. obs: 24806 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.1-3.274.10.2862.51494836450.286100
3.27-3.474.10.1973.41418334330.19799.9
3.47-3.714.20.1584.11333932140.15899.8
3.71-44.20.1384.81261130220.13899.6
4-4.384.20.1175.51146027390.11799.2
4.38-4.94.20.0996.51053124930.09998.7
4.9-5.664.20.0887.3924921970.08898.2
5.66-6.934.30.0887.1788918540.08897.2
6.93-9.84.20.0717.8596414100.07195.6
9.8-84.183.90.086.631337990.0893.5

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.533 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.528
最高解像度最低解像度
Rotation3.3 Å84.18 Å
Translation3.3 Å84.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1z90

1z90


解像度: 3.1→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 48.922 / SU ML: 0.401 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1261 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.23 ---
obs-24617 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6607 0 0 10 6617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0216726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.9579213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6065925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.57224.659249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.74315901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9881527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.23122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.24540
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3660.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4611.54731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80327312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0132222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7114.51901
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 100 -
Rwork0.326 1673 -
obs-1773 99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
129.7553-18.1246-4.385811.04012.67150.64644.0006-7.9864-2.7293-0.7483-5.9442-2.34410.1639-3.81481.9436-0.00680.02780.0150.02490.0198-0.00975.94422.159435.1705
21.3611-0.0163-0.3551.72950.44861.75310.31560.07760.1640.4752-0.40990.29760.0255-0.46160.09430.0816-0.17720.32680.071-0.1416-0.036126.2322.991845.8988
31.0153-0.3371-1.06672.07170.92691.7378-0.02820.0560.04910.3155-0.0682-0.02420.1898-0.13340.0963-0.0171-0.04940.0092-0.0271-0.0174-0.037946.5601-10.458926.6145
490.88119.7262-25.22461.0409-2.69967.0012-0.3861-3.0798-3.131-2.57223.5927-2.4313-2.4591-4.5662-3.20660.00290.0020.0036-0.00060.00790.0038101.6593-30.9194-27.5091
51.1574-0.41290.1392.12571.13812.98040.12510.15780.1683-0.12570.0832-0.33220.33480.4497-0.2083-0.09570.24930.061-0.0077-0.06580.020484.9234-42.8261-5.6561
61.5892-1.5748-0.552.35751.13911.6256-0.00450.0536-0.03380.11940.0168-0.03960.18870.0615-0.0123-0.08230.0072-0.0162-0.0375-0.0018-0.004464.4077-26.357110.1642
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA22 - 3511 - 24
22AA44 - 38033 - 369
33AA381 - 499370 - 488
44BB20 - 349 - 23
55BB42 - 38031 - 369
66BB381 - 499370 - 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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