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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i5b | ||||||
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タイトル | The crystal structure of an ADP complex of Bacillus subtilis pyridoxal kinase provides evidence for the parralel emergence of enzyme activity during evolution | ||||||
要素 | Phosphomethylpyrimidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ADP complex / PdxK / thiD / ribokinase superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphomethylpyrimidine kinase activity / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / pyridoxal kinase activity / pyridoxal kinase / thiamine biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Newman, J.A. / Das, S.K. / Sedelnikova, S.E. / Rice, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: The Crystal Structure of an ADP Complex of Bacillus subtilis Pyridoxal Kinase Provides Evidence for the Parallel Emergence of Enzyme Activity During Evolution. 著者: Newman, J.A. / Das, S.K. / Sedelnikova, S.E. / Rice, D.W. #1: ジャーナル: To be published タイトル: Cloning, purification and preliminary crystallographic analysis of a putative Pyridoxal Kinase from Bacillus subtilis | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i5b.cif.gz | 250.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i5b.ent.gz | 203.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2i5b_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2i5b_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2i5b_validation.xml.gz | 48 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2i5b_validation.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ub0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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詳細 | The biological assembly is a dimer formed between chanis A and B and by chains C and D |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29047.225 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: thiD / プラスミド: pTB361 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P39610, phosphooxymethylpyrimidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 28% peg 4000, 0.17M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris HCL (pH 8.5), 10mM MgCl, 10mM ADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月9日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic Varimax mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→94.916 Å / Num. all: 33604 / Num. obs: 33604 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 18268 / Num. unique all: 4844 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UB0 解像度: 2.8→12.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 15.994 / SU ML: 0.317 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.436 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→12.87 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.869 Å / Total num. of bins used: 20
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