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万見
- PDB-2i58: Crystal Structure of RafE from Streptococcus pneumoniae complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i58
タイトルCrystal Structure of RafE from Streptococcus pneumoniae complexed with raffinose
要素Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Complex with raffinose
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sugar ABC transporter, sugar-binding protein / Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Paterson, N.G. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Mitchell, T.J. / Isaacs, N.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of apo and bound forms of RafE from Streptococcus pneumoniae
著者: Paterson, N.G. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Mitchell, T.J. / Isaacs, N.W.
履歴
登録2006年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年5月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
B: Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0097
ポリマ－86,8942
非ポリマー1,1155
水00
1
A: Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9873
ポリマ－43,4471
非ポリマー5402
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0224
ポリマ－43,4471
非ポリマー5753
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.214, 119.435, 146.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 388 / Label seq-ID: 4 - 388

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter, sugar-binding protein


分子量: 43446.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP1897 / プラスミド: pTBL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q97NW2, UniProt: A0A0H2URJ7*PLUS
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpa1-6DGalpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25.5% PEG4000 0.085M Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: none / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.21 Å / Num. all: 20180 / Num. obs: 20180 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.59 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 7 / Scaling rejects: 1005
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured all: 13379 / Num. unique all: 2121 / Χ2: 0.83 / % possible all: 98.1

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å49.21 Å
Translation2.9 Å49.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.5Lデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2 models: 2HQ0 residues 1-114 and 278-327 and 2HQ0 residues 115-277 and 328-387

2hq0

2hq0


解像度: 2.8→46.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.488 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 971 4.8 %Conserved from 2HQ0
Rwork0.211 ---
all0.215 20129 --
obs-20129 91.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.857 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å20 Å20 Å2
2--3.84 Å20 Å2
3----7.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6086 0 71 0 6157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9538408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.60639948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1665768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20525.664286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.81115974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6971516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.24016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.20.23147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1220.22909
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0840.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7941.53819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1411.51564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.17526143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92132363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.694.52265
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4937 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.280.5
MEDIUM THERMAL5.982
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 78 -
Rwork0.275 1499 -
obs-1577 98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.24820.6409-0.43622.7654-0.32941.44260.0917-0.04820.1490.1306-0.03470.0905-0.2095-0.0852-0.05710.02480.0286-0.0024-0.07440.00970.0111ChainA_domain1-3.94716.33818.743
20.87610.0969-0.27730.93540.16571.5766-0.0163-0.0101-0.05160.01910.0162-0.0377-0.00580.08920.0001-0.0692-0.0001-0.0215-0.05910.01840.02ChainA_domain29.0984.75-3.198
30.6660.4653-0.46430.84570.21072.39480.0001-0.07880.0165-0.0290.01990.0053-0.00650.0434-0.0201-0.05980.0102-0.028-0.06240.00970.0502ChainB_domain123.333-2.30435.56
41.9386-0.1619-0.5490.90660.37641.67160.08190.0508-0.24720.0399-0.10560.0540.1099-0.08730.0237-0.0234-0.012-0.0331-0.0802-0.00410.1139ChainB_domain212.785-24.87721.932
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 1144 - 114
21AA278 - 327278 - 327
32AA115 - 277115 - 277
42AA328 - 388328 - 388
53BB4 - 1144 - 114
63BB278 - 327278 - 327
74BB115 - 277115 - 277
84BB328 - 388328 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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