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万見
- PDB-2i4k: Solution Structure of the PX domain of Sorting Nexin 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i4k
タイトルSolution Structure of the PX domain of Sorting Nexin 1
要素Sorting nexin-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / 3-Stranded Beta sheet / 3 alpha helices / proline rich loop
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / retromer complex / transferrin receptor binding / retrograde transport, endosome to Golgi / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport ...retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / retromer complex / transferrin receptor binding / retrograde transport, endosome to Golgi / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / receptor internalization / lamellipodium / early endosome membrane / vesicle / lysosome / endosome membrane / endosome / cadherin binding / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin, N-terminal / Sorting nexin-1 / Sorting Nexin 1, PX domain / Sorting nexin, N-terminal domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Sorting nexin, N-terminal / Sorting nexin-1 / Sorting Nexin 1, PX domain / Sorting nexin, N-terminal domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Watson, M.J. / Zhong, Q. / Lazar, C.S. / Hounslow, A.M. / Gill, G.N. / Waltho, J.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2005
タイトル: Determinants of the Endosomal Localization of Sorting Nexin 1
著者: Zhong, Q. / Watson, M.J. / Lazar, C.S. / Hounslow, A.M. / Waltho, J.P. / Gill, G.N.
履歴
登録2006年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7021
ポリマ－14,7021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-1 / SNX1


分子量: 14701.784 Da / 分子数: 1 / 断片: Phox homology (PX) domain (Residues 142-269) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX1 / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonplusRIL / 参照: UniProt: Q13596

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 13C/15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM SNX1-PX U-15N;U-13C 20mM Phosphate pH6.5 0.1M NaCL 10mM NaN3 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.1M NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
Felix2000Accelrys解析
Felix2000Accelrysデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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