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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i49 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo form of Bicarbonate Transport Protein CmpA from Synechocystis sp. PCC 6803 | ||||||
要素 | Bicarbonate transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta protein / C-clamp / ABC transporter / periplasmic solute-binding protein / bicarbonate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Koropatkin, N.M. / Smith, T.J. / Pakrasi, H.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA. 著者: Koropatkin, N.M. / Koppenaal, D.W. / Pakrasi, H.B. / Smith, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i49.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i49.ent.gz | 73 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/2i49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/2i49 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47085.863 Da / 分子数: 1 / 断片: solute-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: cmpA / プラスミド: pET-28rTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q55460 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch/microseeding / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate, HEPPS pH 8.0, EGTA, batch/microseeding, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日 / 詳細: Helios |
放射 | モノクロメーター: HELIOS MULTILAYER; DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→25.6 Å / Num. all: 103049 / Num. obs: 103049 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 2I48 解像度: 1.35→25.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 50.334 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.327 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→25.6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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