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- PDB-2i40: Cdk2/Cyclin A complexed with a thiophene carboxamide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i40
タイトルCdk2/Cyclin A complexed with a thiophene carboxamide inhibitor
要素
  • Cell division protein kinase 2
  • Cyclin-A2
キーワードtransferase/cell cycle / cdk2 / cyclin / kinase / transferase-cell cycle COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon ...: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / G0 and Early G1 / cochlea development / Telomere Extension By Telomerase / animal organ regeneration / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / cellular response to estradiol stimulus / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Orc1 removal from chromatin / potassium ion transport / Meiotic recombination / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of TP53 Degradation / cellular senescence / nuclear envelope / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein phosphorylation / Ub-specific processing proteases / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription / centrosome / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BLZ / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shewchuk, L.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: 5-(1H-Benzimidazol-1-yl)-3-alkoxy-2-thiophenecarbonitriles as potent, selective, inhibitors of IKK-epsilon kinase
著者: Bamborough, P. / Christopher, J.A. / Cutler, G.J. / Dickson, M.C. / Mellor, G.W. / Morey, J.V. / Patel, C.B. / Shewchuk, L.M.
履歴
登録2006年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein kinase 2
B: Cyclin-A2
C: Cell division protein kinase 2
D: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6046
ポリマ－127,6884
非ポリマー9162
水4,360242
1
A: Cell division protein kinase 2
B: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3023
ポリマ－63,8442
非ポリマー4581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
2
C: Cell division protein kinase 2
D: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3023
ポリマ－63,8442
非ポリマー4581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.882, 184.882, 213.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C
13A
23C
14A
24C
15C
25A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASN2BB180 - 4258 - 253
21GLUGLUASNASN2DD180 - 4258 - 253
12GLNGLNALAALA4AA85 - 14085 - 140
22GLNGLNALAALA4CC85 - 14085 - 140
13ILEILELEULEU4AA10 - 8310 - 83
23ILEILELEULEU4CC10 - 8310 - 83
14ALAALAALAALA4AA170 - 280170 - 280
24ALAALAALAALA4CC170 - 280170 - 280
15BLZBLZBLZBLZ4CF401
25BLZBLZBLZBLZ4AE301

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細2 cdk2/cyclinA heterodimers per asu

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2 / プラスミド: pFastbac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A


分子量: 29867.512 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 173-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20248
#3: 化合物 ChemComp-BLZ / 5-[5,6-BIS(METHYLOXY)-1H-BENZIMIDAZOL-1-YL]-3-{[1-(2-CHLOROPHENYL)ETHYL]OXY}-2-THIOPHENECARBOXAMIDE


分子量: 457.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20ClN3O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.5 M sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月14日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→160 Å / Num. all: 59552 / Num. obs: 48311 / % possible obs: 95.44 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 73.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.78 / Num. unique all: 2695 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1FIN

1fin


解像度: 2.8→160.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 20.005 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.49 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22176 2579 5.1 %RANDOM
Rwork0.19323 ---
all0.1947 48311 --
obs0.1947 48311 95.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20.97 Å20 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→160.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8772 0 62 242 9076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.98512370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.08651105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28923.984379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.279151580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.751541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.24250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.26279
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3361.55665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59128972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.82833934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3894.53393
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B980tight positional0.030.05
11B987medium positional0.40.5
21A427medium positional0.180.5
31A526medium positional0.430.5
41A874medium positional0.230.5
52C31medium positional0.060.5
11B980tight thermal0.040.5
11B987medium thermal0.32
21A427medium thermal0.332
31A526medium thermal0.262
41A874medium thermal0.232
52C31medium thermal0.542
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 130 -
Rwork0.274 2695 -
obs-2695 73.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.328-0.9261-2.02752.79851.20741.9173-0.1505-0.8551-0.56750.4428-0.0894-0.01390.49530.3590.2399-0.0997-0.06260.10330.0867-0.1373-0.1682-16.4282199.3437108.1834
21.69541.0516-2.16372.6732-2.18056.697-0.388-0.1806-0.6905-0.097-0.2158-0.45660.8040.5560.60380.1477-0.10940.2256-0.026-0.15580.1116-28.5581178.565190.2927
33.1170.8038-0.24361.8140.93963.5930.0003-0.19760.20460.1611-0.18310.1287-0.1179-0.18380.1828-0.2387-0.03110.02-0.1232-0.1054-0.2805-21.5091221.9416122.5995
42.4378-0.1083-0.19233.49891.11474.40230.1705-0.0318-0.0599-0.1937-0.29220.640.5574-0.2740.1218-0.0186-0.03860.008-0.1505-0.27560.0875-41.3273176.047765.7117
53.4815-1.0429-0.65773.05530.13712.3334-0.2368-0.029-0.1770.3189-0.0370.21450.1524-0.21340.2738-0.2009-0.09960.14520.0279-0.184-0.2363-48.6624199.6286112.54
62.1668-0.4003-0.00162.2768-0.85883.7755-0.00190.11080.1188-0.0505-0.20750.3576-0.036-0.05610.2094-0.2295-0.02410.0796-0.2595-0.1574-0.1377-19.9284204.511172.7158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 841 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2CC1 - 841 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3AA85 - 29785 - 297
4X-RAY DIFFRACTION4CC85 - 29685 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5BB175 - 4313 - 259
6X-RAY DIFFRACTION6DD178 - 4326 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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