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万見
- PDB-2i3o: Crystal structure of gamma-glutamyl transferase related protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i3o
タイトルCrystal structure of gamma-glutamyl transferase related protein from Thermoplasma acidophilum
要素Gamma-glutamyltransferase related protein
キーワードTRANSFERASE / Gamma-glutamyl transferase related protein / Thermoplasma acidophilum / 6324d / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性: / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Gamma-glutamyltransferase related protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Rao, K.N. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of gamma-glutamyl transferase related protein from Thermoplasma acidophilum
著者: Rao, K.N. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2006年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyltransferase related protein
B: Gamma-glutamyltransferase related protein
C: Gamma-glutamyltransferase related protein
D: Gamma-glutamyltransferase related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,3164
ポリマ－230,3164
非ポリマー00
水15,979887
1
A: Gamma-glutamyltransferase related protein
B: Gamma-glutamyltransferase related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1582
ポリマ－115,1582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area32800 Å2
手法PISA
2
C: Gamma-glutamyltransferase related protein
D: Gamma-glutamyltransferase related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1582
ポリマ－115,1582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area33700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.080, 95.471, 119.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Gamma-glutamyltransferase related protein


分子量: 57578.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HJH4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Magnesium Formate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 156657 / Num. obs: 156657 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 15286 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→30.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 92146.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues listed in remark 465 and atoms listed in remark 470 were not modeled due to lack of electron density. Residue ASN254 in all four chains does not have good geometry. However, they fit ...詳細: Residues listed in remark 465 and atoms listed in remark 470 were not modeled due to lack of electron density. Residue ASN254 in all four chains does not have good geometry. However, they fit the electron density very well. Residual densities near the active sites have been modeled as water (39, 40, 45, 167) but they could be metal ions. N terminal Selenomethionine is visible only in chains A and D.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 3836 2.5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 151643 96.3 %-
all-151643 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6224 Å2 / ksol: 0.369856 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å2-0.53 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----0.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→30.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15495 0 0 887 16382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 574 2.5 %
Rwork0.2 22791 -
obs--89.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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