PDB-2i34: The crystal structure of Class C acid phosphatase from Bacillus a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i34

タイトル

The crystal structure of Class C acid phosphatase from Bacillus anthracis with tungstate bound

要素

acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / HAD superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Felts, R.L. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the class C acid phosphatase from Bacillus anthracis
著者: Felts, R.L. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2006年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i34.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i34.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i34_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i34_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	2i34_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	2i34_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i33
類似構造データ	2i33-d 5du9-2 4kp1-d 1q6g-d 7dej-1 4fgu-2 1pcj-d 1phf-d 2fkm-d 4g3r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: acid phosphatase

B: acid phosphatase

ヘテロ分子

59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.000, 89.940, 104.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	acid phosphatase 分子量: 29468.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q81L82, UniProt: A0A6L7HE29*PLUS, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION 分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES 30% v/v Jeffamine DE-2001 reagent, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 140 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0051 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月14日

放射

モノクロメーター: Double Crystal, Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0051 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.15 % / Av σ(I) over netI: 8.4 / 数: 247238 / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 0.97 / D res high: 2 Å / D res low: 47.23 Å / Num. obs: 34308 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.31	47.23	99.9	0.06	0.64	6.87	39
3.42	4.31	100	0.061	0.68	7.08	115
2.99	3.42	100	0.089	0.79	7.19	124
2.71	2.99	100	0.125	0.82	7.21	182
2.52	2.71	100	0.164	0.92	7.24	81
2.37	2.52	100	0.206	1.04	7.22	203
2.25	2.37	100	0.242	1.03	7.24	109
2.15	2.25	100	0.297	1.22	7.17	273
2.07	2.15	100	0.346	1.23	7.18	288
2	2.07	100	0.391	1.36	7.15	441

反射

解像度: 2→47.23 Å / Num. obs: 34308 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.15 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 1855

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	7.15	0.391	3.5	24464	3361	1.36	100
2.07-2.15	7.18	0.346	3.8	24500	3374	1.23	100
2.15-2.25	7.17	0.297	4.3	24640	3400	1.22	100
2.25-2.37	7.24	0.242	5.1	24601	3384	1.03	100
2.37-2.52	7.22	0.206	5.9	24695	3391	1.04	100
2.52-2.71	7.24	0.164	7.3	24680	3399	0.92	100
2.71-2.99	7.21	0.125	8.7	24855	3422	0.82	100
2.99-3.42	7.19	0.089	11.7	24804	3431	0.79	100
3.42-4.31	7.08	0.061	17.4	24831	3490	0.68	100
4.31-47.23	6.87	0.06	15.7	25168	3656	0.64	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	W	18.168	0.382	0.107	0.244	0.635
2	W	16.668	0.1	0.433	0.116	0.554

Phasing dm

FOM : 0.7 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.65 / 反射: 17666 / Reflection acentric: 15334 / Reflection centric: 2332

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-47.393	0.86	0.89	0.79	848	571	277
4.5-7.1	0.81	0.83	0.71	2413	1965	448
3.6-4.5	0.84	0.85	0.78	3001	2582	419
3.1-3.6	0.77	0.78	0.7	2985	2632	353
2.7-3.1	0.62	0.63	0.53	5199	4663	536
2.5-2.7	0.48	0.49	0.42	3220	2921	299

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.4LDz	データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→47.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.785 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1724	5 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.183	3361	-	-
obs	0.181	34245	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3729	0	12	283	4024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.952	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.8	3	7817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.749	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.916	25.67	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.116	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.197	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.219	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.163	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.478	1.5	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.768	2	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.29	3	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.9	4.5	1439

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	122	-
R_work	0.201	2190	-
obs	-	2312	92.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8938	-0.2273	-0.2106	1.0961	0.1254	1.7675	0.0212	-0.0379	-0.0353	0.0605	0.014	0.1645	0.0238	-0.2168	-0.0352	-0.1412	-0.0123	-0.002	-0.0868	0.0222	-0.0758	35.6893	53.5231	23.4711
2	1.0562	0.2323	-0.2623	1.3812	0.0998	1.8748	-0.0471	-0.0335	-0.1324	-0.0538	0.0356	-0.1192	0.1749	0.271	0.0115	-0.1009	0.026	-0.0142	-0.1072	0.0039	-0.0654	54.8199	42.1122	12.6607

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 14 - 250 / Label seq-ID: 14 - 250

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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